PRJNA999188：脓毒症诱导肺肾数千基因激活及选择性核阻断的干预

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA999188

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数据说明

全球脓毒症发病率持续上升，2017年已达近4900万例，并有1100万例脓毒症相关死亡。全血中已报道了脓毒症的多系统阶段基因组反应，其特征为剧烈的微生物性炎症，而除抗微生物治疗和支持措施外，尚缺乏有效治疗。在此我们发现，令人震惊的是，脓毒症中6，237个显著表达基因在肺部（急性呼吸窘迫综合征（ARDS）的发生部位）表达增高或降低。此外，脓毒症中5，483个显著表达基因在肾脏（急性肾损伤（AKI）的发生部位）表达增高或降低。这种对多种微生物脓毒症的大规模基因组反应可被选择性核阻断剂——细胞穿透性核转运检查点抑制剂（NTCI）所对抗。它控制了肺部3，735个脓毒症诱导基因和肾脏1，951个脓毒症诱导基因。NTCI还在未使用抗微生物治疗的情况下减少了细菌播散：血液中减少18倍，肺部减少11倍，脾脏减少9倍。这种细菌清除的增强在肾脏中不显著。

总体而言，鉴定脓毒症反应性宿主基因及其通过选择性核阻断所实现的调控，促进了对脓毒症多系统机制的更好理解。此外，这还推动了亟需的新型诊断、治疗和预防方法。总体设计：我们研究了肺和肾脏对多微生物脓毒症的基因组反应。我们还确立了核输入阻断对脓毒症中基因表达的影响。通过单次腹腔注射盲肠微生物组（CM）储备液，在8-10周龄雌性C57BL/6小鼠（Jackson Laboratories，Bar Harbor，ME）中诱导多微生物脓毒症。小鼠接受生理盐水或细胞穿透性核转运检查点抑制剂（NTCI）cSN50.1肽治疗。对照组小鼠接受假处理（5%葡萄糖）并接受

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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