C57BL/6与Dp16成年小鼠肺组织PolyA RNA测序及巴瑞替尼JAK1/2抑制模型
该数据集来自 NCBI,属于 Crnic 研究所 Trisomy 21 模型图谱,包含野生型 C57BL/6 与 Dp16 成年小鼠肺组织在 7-11 周龄时、经或未经 JAK1/2 抑制剂 baricitinib 处理的 PolyA RNA-seq 数据

基本信息
资源简介
C57BL/6与Dp16成年小鼠肺组织PolyA RNA测序及巴瑞替尼JAK1/2抑制模型
PRJNA955792 是来自 NCBI 的一个转录组数据集,属于 Crnic 研究所 Trisomy 21 模型图谱(Trisomy 21 Model Atlas)的一部分。该数据集针对成年小鼠肺组织,比较了野生型 C57BL/6 与 Dp16 小鼠在 7-11 周龄时的稳态 mRNA 水平,并包含经或未经 JAK1/2 抑制剂 baricitinib 处理的样本。数据采用 PolyA RNA-seq 技术生成,主题标签为转录组或基因表达。该资源为研究 21 三体模型中的基因表达变化以及 JAK1/2 抑制的转录效应提供了肺组织层面的数据支持。
【数据集背景】
该数据集隶属于 Human Trisome Project - Trisomy 21 Model Atlas,由科罗拉多大学安舒茨医学院 Linda Crnic 研究所唐氏综合征研究中心运行。Trisomy 21 模型图谱旨在通过多组织、多条件的转录组分析,刻画 21 三体模型小鼠的基因表达特征。本数据集聚焦于成年小鼠肺组织,以野生型 C57BL/6 小鼠作为对照,以 Dp16 小鼠作为 21 三体的模型,并引入 JAK1/2 抑制剂 baricitinib 处理条件,从而在呼吸系统相关组织中考察 21 三体背景下的稳态 mRNA 变化以及 JAK1/2 抑制对基因表达的影响。
【数据内容】
该数据集包含成年小鼠肺组织的 PolyA RNA-seq 数据,用于分析稳态 mRNA 水平。样本覆盖两个基因型:野生型 C57BL/6 和 Dp16 小鼠;同时覆盖两种处理条件:经 baricitinib 处理和未经 baricitinib 处理。小鼠年龄为 7-11 周龄。数据主题标签为 Transcriptome or Gene expression,表明其核心内容为转录组或基因表达信息。数据集英文名称中明确标注了“PolyA RNA-seq from C57BL/6 and Dp16 adult mouse lung tissue ± JAK1/2 inhibition with baricitinib”,概括了样本来源、基因型、组织类型、处理条件及测序策略。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。源站描述指出,该数据是对成年小鼠肺组织在 7-11 周龄时稳态 mRNA 水平的分析,涉及野生型 C57BL/6 和 Dp16 小鼠,以及经或未经 JAK1/2 抑制剂 baricitinib 处理的条件。该数据集是 Human Trisome Project - Trisomy 21 Model Atlas 的一部分,该图谱由 Linda Crnic 研究所唐氏综合征研究中心(位于科罗拉多大学安舒茨医学院)运行,相关网站为 http://www.trisome.org/。本站分类将其归入呼吸系统疾病 / 其他。
【适用场景】
该数据集适用于研究 21 三体模型小鼠肺组织的基因表达变化,以及 JAK1/2 抑制对肺组织稳态 mRNA 水平的影响。具体而言,可用于比较野生型 C57BL/6 与 Dp16 小鼠在肺组织中的转录组差异,分析 baricitinib 处理前后基因表达谱的改变,或探索 21 三体背景下 JAK1/2 信号通路抑制相关的转录响应。由于数据来自成年小鼠肺组织,也可用于呼吸系统疾病相关研究中与 21 三体或 JAK1/2 抑制相关的转录组分析场景。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明。该数据集为 PolyA RNA-seq 数据,通常可用于基因表达定量、差异表达分析、转录本水平比较等常规转录组分析流程,但具体分析步骤、参考基因组版本、标准化方法等未在源站描述中给出。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量与限制的说明。该数据集仅涵盖成年小鼠肺组织,年龄范围为 7-11 周龄,涉及 C57BL/6 与 Dp16 两种基因型以及 baricitinib 处理与未处理两种条件。其他组织、发育阶段或处理条件未包含在本数据集中。
【引用与许可】
源站未提供引用与许可信息。该数据集来源于 NCBI,属于 Human Trisome Project - Trisomy 21 Model Atlas,相关项目由 Linda Crnic 研究所唐氏综合征研究中心运行,项目网站为 http://www.trisome.org/。具体引用方式与许可条款需参考源站页面。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA955792
标准获取流程:
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- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
对7-11周龄野生型C57BL/6和Dp16小鼠成年肺组织中稳态mRNA水平的分析,包括使用JAK1/2抑制剂巴瑞替尼治疗与否。该数据集是科罗拉多大学安舒茨医学院Linda Crnic唐氏综合征研究所运行的“人类三体项目-21三体模型图谱”的一部分。http://www.trisome.org/
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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