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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA905671：肺气肿与健康肺中异质性II型肺泡细胞的高分辨率分析揭示受损肺泡再生的气道来源

该数据集为 NCBI BioProject 收录项目，编号 PRJNA905671，英文标题为“High resolution analysis of heterogeneous alveolar type II cells in emphysema and health reveals an airway origin of impaired alveolar regeneration”。从标题可知，其研究核心是对肺气肿与健康状态下异质性 II 型肺泡细胞进行高分辨率分析，并据此提出受损肺泡再生可能具有气道来源的线索。项目在 NCBI BioProject 中登记，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，本站将其归入呼吸系统疾病 / 其他类别。整体而言，该数据集面向呼吸系统疾病研究，尤其是肺气肿背景下肺泡上皮细胞异质性与再生机制的基础研究，适合关注转录组或基因表达数据的科研人员参考使用。

【数据集背景】

肺气肿是慢性阻塞性肺疾病的重要表型之一，其病理特征涉及肺泡结构破坏和修复再生能力下降。II 型肺泡细胞在肺泡上皮修复与再生中具有关键作用，但该类细胞在肺气肿与健康肺组织中可能呈现异质性。该数据集所对应的 BioProject 项目以高分辨率分析为切入点，比较肺气肿与健康状态下的异质性 II 型肺泡细胞，并试图揭示受损肺泡再生的气道来源。这一背景使其区别于单纯的基因表达谱资源，而更偏向于围绕特定细胞群体和再生机制的基础研究项目。源站未提供该项目的具体实验设计、样本数量、干预条件或研究假设的进一步细节。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据内容与转录组或基因表达相关。BioProject 作为生物数据的集合记录，通常用于汇集与某一研究计划相关的多种数据类型，并提供统一入口以便查找。就本项目而言，其标题指向异质性 II 型肺泡细胞的高分辨率分析，因此数据内容应围绕肺气肿与健康肺组织中该类细胞的基因表达特征展开。源站未提供具体的数据类型清单、文件格式、数据量、测序平台或分析层级等信息，因此无法进一步说明其转录组数据的具体构成。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 905671。BioProject 记录通常来自单一机构或联合体发起的研究计划，并汇集该计划产生的多种生物数据。该项目的标题和主题标签表明其数据与肺气肿、健康肺组织以及 II 型肺泡细胞的转录组或基因表达分析有关。源站未提供样本采集地点、物种、组织来源、伦理审批信息或具体提交机构的详细说明。

【适用场景】

该数据集适用于呼吸系统疾病相关的基础研究场景，尤其是肺气肿病理机制、肺泡上皮细胞异质性、II 型肺泡细胞功能以及肺泡再生来源等方向。由于主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，其数据可用于基因表达层面的探索性分析，例如比较肺气肿与健康状态下的表达差异、识别细胞亚群特征或生成后续验证假设。对于关注气道来源与肺泡再生关系的课题，该数据集也具有潜在参考价值。源站未提供该数据集在临床诊断、药物开发或转化应用方面的具体适用说明。

【使用方法】

该数据集通过 NCBI BioProject 平台提供访问入口，用户可依据项目编号 PRJNA905671 在 NCBI 网站中检索并获取相关记录。BioProject 记录的作用在于集中呈现与同一研究计划相关的多种数据类型的链接，因此使用者可通过该记录跳转至关联的数据资源。源站未提供具体的数据下载方式、分析流程、软件工具、参数设置或使用教程，因此无法进一步说明操作步骤。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公共生物数据资源，其记录形式为项目级元数据与关联数据入口。由于源站未提供样本量、测序深度、重复数、质控指标、统计方法或验证实验等信息，无法对该数据集的技术质量、数据完整性和结论稳健性作出具体评价。此外，该数据集标题涉及“气道来源”的机制性结论，但源站未提供支持该结论的具体分析细节。使用者应注意，BioProject 记录本身不等同于完整的数据分析报告，实际使用时应结合关联的原始数据与原始文献进行判断。

【引用与许可】

该数据集的引用应指向 NCBI BioProject 项目 PRJNA905671，并可参考其英文标题“High resolution analysis of heterogeneous alveolar type II cells in emphysema and health reveals an airway origin of impaired alveolar regeneration”。源站未提供该数据集的具体许可条款、使用限制或授权要求，因此无法说明其再分发、商业使用或二次发表的许可条件。使用者在引用或使用前应自行查阅 NCBI BioProject 页面及相关数据提交方提供的许可与使用声明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE218813

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA905671

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肺气肿是慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要病理表型，其特征是由烟草烟雾和空气污染等多种应激因素引起的进行性和不可逆的肺泡组织破坏。由于对组织修复失败背后的细胞和分子机制了解不完全，该病目前仍无法治愈。在此，我们生成了一个单细胞RNA测序数据集，该数据集来自COPD患者肺气肿实质肺组织和健康对照者的富集上皮细胞。利用该数据集，我们对78,699个ATII细胞进行了高分辨率分析，并揭示了重度肺气肿和健康状态中新的ATII细胞亚群。其中包括在COPD中表达多种分泌球蛋白mRNA的两个ATII亚簇（SCGBpos），与健康亚簇相比，它们呈现出不同的转录组谱。这些存在于人类COPD中的ATII亚簇也在小鼠肺气肿模型中被发现。

重要的是，来自两种物种的COPD特异性ATII细胞均显示出气道起源，并且在类器官培养中未能进行肺泡分化，因此提示了肺气肿发病机制中的一个共同机制。总体设计：小鼠COPD模型的单细胞RNA测序分析

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别