基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

野生型与囊性纤维化猪气道黏膜下腺单细胞RNA测序

PRJNA770994 是一项聚焦呼吸系统疾病研究的单细胞转录组数据资源，全称为“野生型与囊性纤维化猪气道黏膜下腺的单细胞RNA测序”。该数据集以 BioProject 记录的形式发布，编号为 770994，来源站点为 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），在本站归入“呼吸系统疾病 / 其他”分类。其核心内容是对野生型猪与囊性纤维化猪气道黏膜下腺组织开展的单细胞 RNA 测序，主题标签为“转录组或基因表达”。作为一项生物项目记录，它把围绕同一研究目标产生的多种数据类型汇聚于一处，便于使用者集中查找与访问。该数据集适合关注气道黏膜下腺细胞组成、囊性纤维化相关转录特征以及单细胞水平基因表达差异的研究者参考使用。

【数据集背景】

该数据集对应的是一项以猪为模型动物、针对气道黏膜下腺开展的单细胞转录组研究。囊性纤维化是一种累及呼吸系统的疾病，气道黏膜下腺是其相关病理研究关注的组织之一。该 BioProject 记录将野生型与囊性纤维化两种基因背景的猪气道黏膜下腺样本纳入同一项目框架，围绕单细胞 RNA 测序所产生的数据组织为一个可检索的项目单元。按照 BioProject 的一般定义，此类记录来源于单一机构或联合体发起的单一研究计划，并作为该项目所产生各类数据的统一入口，使用户能够在一个位置找到指向不同数据类型的链接。该数据集在本站被归入呼吸系统疾病分类下的“其他”子类，主题标签明确指向转录组或基因表达方向。

【数据内容】

该数据集的内容为野生型猪与囊性纤维化猪气道黏膜下腺的单细胞 RNA 测序数据，属于转录组或基因表达范畴。单细胞 RNA 测序用于在单个细胞层面测量基因表达，因此该数据集所承载的信息与气道黏膜下腺组织内不同细胞的转录特征相关。项目记录本身并不等同于单一数据文件，而是作为项目级入口，汇集围绕该研究计划产生的多种数据类型。除上述测序类型、物种背景与组织来源外，源站未提供关于样本数量、细胞数目、测序平台、读长、基因注释版本等更细粒度的技术参数。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，记录编号为 770994，来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov。项目全称表明其样本涉及野生型猪与囊性纤维化猪的气道黏膜下腺。BioProject 作为生物数据项目的登记与汇聚机制，其记录由发起该项目的单一组织或联合体提交，并为用户提供查找该项目所产生各类数据的统一位置。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批信息、实验操作流程以及数据提交机构等细节，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题与内容，该数据集可用于与气道黏膜下腺相关的转录组研究场景，例如在单细胞水平比较野生型与囊性纤维化猪气道黏膜下腺的基因表达特征，或作为呼吸系统疾病研究中单细胞转录组数据的参考资源。其主题标签“转录组或基因表达”表明数据适用于基因表达分析类用途。由于项目记录汇聚多种数据类型，使用者也可借助该记录定位围绕同一研究计划的其他相关数据。关于该数据集在具体疾病机制研究、生物标志物发现或药物靶点评估中的适用性，源站未提供明确说明。

【使用方法】

使用者可通过 NCBI BioProject 记录（ID 770994）访问该项目，并经由记录中提供的链接查找该项目产生的各类数据。项目记录的作用在于提供单一入口，因此实际的数据下载与分析需依据记录所链接的具体数据资源进行。关于数据的具体获取方式、文件格式、处理流程、分析工具与参数设置，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 项目级记录，其描述侧重于项目层面的组织与数据链接，而非对测序数据质量的评估。源站未提供关于数据完整性、测序深度、细胞质量控制指标、批次效应或验证实验结果等信息。使用者在利用该数据集时，需注意项目记录本身不包含对数据质量的结论性说明。此外，该数据集基于猪模型，其结论向其他物种或临床场景的外推需谨慎对待，源站未提供相关说明。

【引用与许可】

该数据集的来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 770994。关于该数据集的引用方式、许可条款与使用限制，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA770994

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA770994

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

哺乳动物上呼吸道系统中的黏膜下腺(SMGs)在液体分泌、黏液纤毛运输和宿主防御中发挥重要作用。在囊性纤维化(CF)患者中，气道黏液阻塞和SMG导管闭塞是标志性特征。尽管大量研究集中于正常和病变肺部的气道上皮，但我们对SMGs的细胞生物学和生理学知识仍然有限。在此，我们对新生仔猪的气道SMGs进行了单细胞RNA测序(scRNA-seq)。首先，我们从新生非CF(n = 4)和CF(n = 4)猪气管中解剖出单个SMGs及其周围非上皮组织。其次，我们使用10x genomics chromium平台进行scRNA-seq。第三，我们使用改进的RefSeq猪基因组参考处理原始测序数据。最后，我们将所有样本整合在一起，并使用Seurat R工具包(Stuart et al., 2019)将细胞聚类为14个主要细胞簇。这些数据使我们能够在单细胞分辨率上阐明气道SMGs。

此外，我们发现非CF与CF的SMGs中细胞类型和基因表达相同，这表明上皮阴离子分泌的丧失而非内在细胞缺陷导致了CF黏液异常。总体设计：我们从4只野生型(WT)和4只CFTR-/- (CF)新生猪中解剖并收集了单个气管SMGs。为消除气道上皮细胞的污染，我们尽可能刷除气道上皮细胞。为在解剖前探查SMGs，我们从气管软骨层剥离上皮层。单细胞使用10X Genomics Chromium控制器处理。cDNA文库使用Chromium单细胞3’ V2试剂盒生成。测序在Illumina的HiSeq 4000系统上进行。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别