慢性阻塞性肺疾病终末细支气管破坏的部位与性质

该数据集来自 NCBI BioProject(ID 634520),主题为慢性阻塞性肺疾病(COPD)中终末细支气管破坏的部位与性质

sra
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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA634520: The site and nature of terminal bronchiolar destruction in chronic obstructive pulmonary disease (COPD).

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

慢性阻塞性肺疾病终末细支气管破坏的部位与性质

PRJNA634520 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的生物学研究项目,编号为 634520,其英文标题为“The site and nature of terminal bronchiolar destruction in chronic obstructive pulmonary disease (COPD)”。从标题可以看出,该项目聚焦于慢性阻塞性肺疾病(COPD)中终末细支气管破坏的部位与性质这一具体科学问题。BioProject 作为生物数据的集合载体,通常围绕某一项单一研究计划而建立,来源于某一个组织或联合体,并为用户提供统一入口,以便查找该项目所产生的多种类型数据。该数据集在本站被归入呼吸系统疾病 / 其他分类,主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,提示其涉及转录组或基因表达层面的数据内容。

【数据集背景】

慢性阻塞性肺疾病是一种以持续气流受限为特征的呼吸系统疾病,而终末细支气管的破坏被认为是其重要病理改变之一。该数据集所对应的 BioProject 项目,正是围绕“COPD 中终末细支气管破坏的部位与性质”这一主题展开。源站标题明确指向这一研究方向,说明该项目旨在从生物学数据角度探讨终末细支气管在 COPD 中发生破坏的具体位置及其性质。BioProject 记录本身并不直接等同于某一项具体实验数据,而是作为一个项目容器,将围绕同一研究目标产生的多种数据类型汇聚在一起,便于研究者定位和获取相关资源。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,表明其数据内容与转录组或基因表达相关。BioProject 记录提供用户一个单一位置,用于查找该项目所生成的不同数据类型之间的链接。源站描述指出,BioProject 是围绕单一研究计划收集的生物数据集合,这些数据来自单一组织或联合体。因此,该数据集的内容应理解为与 COPD 终末细支气管破坏研究相关的转录组或基因表达数据集合。除主题标签外,源站未提供更细粒度的数据内容说明。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,即美国国家生物技术信息中心(NCBI)。其 BioProject 编号为 634520,英文标题为“The site and nature of terminal bronchiolar destruction in chronic obstructive pulmonary disease (COPD)”。源站描述说明,BioProject 记录来源于单一组织或联合体,并围绕单一研究计划组织数据。关于具体的样本采集方式、受试者信息、实验平台或组织来源等细节,源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签“Transcriptome or Gene expression”以及研究主题,该数据集可适用于与慢性阻塞性肺疾病中终末细支气管破坏相关的转录组或基因表达分析场景。研究者可以利用 BioProject 记录作为入口,查找该项目所产生的多种数据类型。由于该数据集被本站归入呼吸系统疾病 / 其他分类,其潜在应用方向包括呼吸系统疾病尤其是 COPD 相关的基础研究。但具体适用场景需结合源站提供的实际数据内容判断,源站未提供更详细的适用说明。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库,以编号 634520 或标题关键词检索到该记录。BioProject 记录的设计目的,是让用户在一个统一位置找到与该项目相关的不同数据类型的链接。因此,使用方法上,用户可先访问该 BioProject 记录页面,再根据页面提供的链接跳转至具体的数据资源。关于数据下载、格式转换、分析流程等具体操作步骤,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject,属于公开的生物学研究项目记录。其质量与限制取决于源站所收录的具体数据,源站未提供关于数据质量、完整性、误差范围或使用限制的详细说明。用户在使用时应参考源站记录中的原始描述及相关链接页面。由于本介绍仅依据已知信息撰写,未涵盖源站可能存在的其他说明,因此具体限制条件需以源站为准。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,用户在使用时应遵循 NCBI 及 BioProject 数据库的相关引用规范与许可要求。关于该数据集的具体引用格式、许可类型或使用条款,源站未提供。建议用户直接访问该 BioProject 记录页面,查看源站给出的引用与许可信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA634520

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

既往研究报道了慢性阻塞性肺疾病(COPD)中终末细支气管的进行性减少。基于微CT和微阵列分析,本研究确定了终末细支气管减少的确切部位,并开始探究与COPD中该减少相关的基因表达模式。总体设计:系统均匀随机(SUR)抽样从10例接受肺移植治疗的极重度(慢性阻塞性肺疾病全球倡议,GOLD 4)COPD患者的离体肺以及5例未使用的供体对照肺中提供了120个样本(每肺8个)。经过质量控制后,从面板中移除了三个样本。因此,该数据集包含117个样本的微阵列分析,其中包括77个COPD样本和40个对照样本。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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