PRJNA615854：I型PRRSV毒株感染猪肺髓系细胞的独特细胞与代谢重编程

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA615854

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数据说明

猪繁殖与呼吸综合征（PRRS）对养猪生产具有广泛影响。其致病病毒（PRRSV）分为两个种，PRRSV-1（欧洲起源）和PRRSV-2（北美起源）。在PRRSV-1中，PRRSV-1.3毒株如Lena比PRRSV-1.1毒株如Flanders 13（FL13）更具致病性。迄今为止，PRRSV与原发性肺单核吞噬细胞（MNP）亚型——包括常规树突状细胞1型（cDC1）和2型（cDC2）、单核细胞衍生树突状细胞（moDC）及实质巨噬细胞（PIM）——的分子相互作用尚未得到充分研究。在此，我们分析了体内FL13感染的实质MNP亚群以及体外FL13和Lena感染的实质MNP的转录组谱。体内分选细胞的细胞特异性表达谱与其小鼠对应细胞（AM、cDC1、cDC2、moDC）相关，但PIM除外。无论在体内还是体外，FL13感染均改变了少量宿主基因的表达，而体外Lena感染则证实了该毒株具有更强的调节宿主反应的能力。

机器学习和GSEA分析揭示了FL13感染调控的其他相关基因和通路，这些是传统分析未能识别出的。GSEA增加了FL13数据集中富集的细胞通路，而机器学习则使我们对FL13体外感染期间的功能谱有了更全面的理解。数据表明，Lena和FL13感染后的细胞重编程有所不同，且后者使抗病毒和炎症性巨噬细胞/DC功能保持沉默，提示早期感染期间存在不同的致病机制。总体设计：使用RNAseq获得的体内FL13感染实质MNP亚群以及体外FL13和Lena感染实质MNP的转录组谱

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。