PRJNA497875：人肺单细胞转录组分析揭示肺纤维化期间复杂的多细胞变化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA497875

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肺纤维化是一种异质性综合征，其中纤维化瘢痕取代了正常的肺组织。我们对来自8名肺移植供体和8名肺纤维化患者的肺组织进行了大规模并行单细胞RNA测序。结合原位RNA杂交及扩增技术，这些数据提供了疾病病理生物学的分子图谱。我们鉴定出一个独特的、新型的促纤维化肺泡巨噬细胞群体，仅存在于纤维化患者中。在上皮细胞中，参与Wnt分泌和响应的基因表达局限于非重叠细胞。我们发现了包括气道干细胞和衰老细胞在内的稀有细胞群体，在肺纤维化过程中出现。对一名早期疾病患者的冷冻活检标本进行分析，支持了单细胞RNA测序在开发个性化治疗方法中的临床应用。该数据集包含从两只未处理小鼠肺部生成的单细胞RNA测序数据，本研究的人类数据已提交至dbGap/SRA。

总体设计：从两只4个月大的C57Bl/6雄性小鼠制备单细胞悬液，并使用Chromium单细胞控制器（10x Genomics）上的3’ V2化学试剂盒生成单细胞RNA测序文库。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。