PRJNA448844：流感病毒诱导ARDS患者BALF细胞外囊泡中检测到前病毒miRNA

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA448844

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

甲型流感病毒（IAV）引起严重的呼吸道感染和肺泡上皮损伤，导致急性呼吸窘迫综合征（ARDS）。细胞外囊泡（EV）已被证明通过转移微小RNA介导炎症中的细胞间通讯。在本研究中，我们发现IAV诱导的ARDS患者支气管肺泡灌洗液（BALF）中EV的miRNA组成发生了显著变化。在九个显著失调的微小RNA中，miR-17-5p在患者BALF以及IAV感染的肺上皮细胞（A549）的EV中表达上调。在这些细胞中，miR-17-5p的转移强烈下调了抗病毒因子Mx1的表达，并显著增强了IAV的复制。总体设计：A549细胞常规培养于含10% FCS的RPMI1640中。细胞以0.1和5的MOI感染流感H1N1（A/Memphis/14/96、A/WSN/33）12小时。通过酚/氯仿萃取从生物学三重复样本中分离RNA。掺入miR-ath-159a用于后续归一化。随后取每样本400 ng RNA，使用Life Technologies miR RT试剂盒及megaplex引物进行逆转录。

随后将逆转录得到的RNA加载到人TaqMan低密度阵列（TLDA）卡上，并按照制造商的建议进行操作。以未感染的A549细胞作为对照，评估感染的影响。microRNA表达量以掺入的miR-ath-159a进行归一化。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。