PRJNA324717：急性阑尾炎全血转录组谱鉴定生物标志物及潜在过程

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA324717

标准获取流程：

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数据说明

背景：在没有计算机断层扫描（CT）的情况下，急性阑尾炎的诊断可能出乎意料地困难，而CT检查会带来显著的辐射暴露。为识别阑尾炎的生物标志物，研究者对急性阑尾炎患者与其他腹部疾病患者的全血RNA进行了全基因组表达谱分析。从一个大型急诊患者队列中，确定了一个由手术确诊的阑尾炎或因其他原因腹痛的患者组成的发现集。通过微阵列对全血RNA进行表达谱分析，并按照倍数变化（>2）和p值（<0.05）联合标准对RNA水平进行筛选。另用一组患者（包括呼吸道感染患者）验证偏最小二乘判别（PLSD）预测模型。结果：转录谱分析在阑尾炎患者与腹痛患者之间鉴定出37个差异表达基因（DEG）。该DEG列表涉及3个主要本体：感染相关、炎症相关和核糖体加工。

阑尾炎患者的中性粒细胞防御素mRNA（DEFA1,3）水平较低，但碱性磷酸酶（ALPL）和白细胞介素-8受体-β（IL8RB）水平较高，这一结果在采用微滴式数字PCR（ddPCR）的60例患者较大队列中得到证实。结论：急性阑尾炎患者的中性粒细胞先天防御系统相关因子的mRNA表达水平存在可检测的变化。较低的防御素mRNA水平提示，阑尾炎患者的免疫细胞并非由病原体直接激活，而是由感染微环境中的可扩散因子致敏。所检测的生物标志物与既往证据一致，即阑尾中形成生物膜的细菌可能是阑尾炎的重要因素。总体设计：根据临床诊断将40份样本分为发现集和验证集，并按条件分析组内差异基因表达。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。