PRJNA213739:Scnn1b转基因与野生型小鼠肺表达数据

该数据集来自 NCBI BioProject(编号 213739),标题为 Scnn1b 转基因与野生型小鼠肺组织的表达数据,物种为 Mus musculus,主题标签为转录组或基因表达

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基因组回归Transcriptome or Gene expression
PRJNA213739: Expression data from the lungs of Scnn1b-Transgenic and wild-type mice

基本信息

模态
基因组
任务类型
回归
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA213739:Scnn1b转基因与野生型小鼠肺表达数据

PRJNA213739 是一个登记于 NCBI BioProject 的生物学项目数据集,其标题为“Expression data from the lungs of Scnn1b-Transgenic and wild-type mice”,即 Scnn1b 转基因小鼠与野生型小鼠肺组织的表达数据。该数据集所属物种为 Mus musculus(小鼠),主题标签为转录组或基因表达,在本地分类中归入呼吸系统疾病 / 其他类别。数据集的核心价值在于围绕 Scnn1b 转基因与野生型两类小鼠的肺组织,提供基因表达层面的转录组数据,可供研究者了解该项目所涉及的表达谱信息。数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,用户可通过 BioProject 编号 213739 定位该项目记录,并借助记录中的链接查找该项目产生的各类数据。

【数据集背景】

该数据集以 BioProject 形式组织。BioProject 是围绕某一项研究计划汇集生物学数据的记录,这些数据来自单一机构或联合体;一条 BioProject 记录为用户提供一个统一入口,用于查找该项目所产生的多种数据类型。本项目的关注对象是 Scnn1b 转基因小鼠与野生型小鼠的肺组织,研究内容落在基因表达 / 转录组层面。在本地分类体系中,该数据集被归入呼吸系统疾病 / 其他,说明其主题与呼吸系统相关研究领域存在关联。关于该项目具体的研究动机、科学假设与实验设计背景,源站未提供。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,即转录组或基因表达,数据内容为来自 Scnn1b 转基因小鼠与野生型小鼠肺组织的表达数据。从标题可知,数据覆盖两类小鼠(Scnn1b 转基因与野生型)的肺组织样本,属于基因表达谱类型的测量结果。关于样本数量、测序平台、表达定量指标、基因数量、分组重复数等具体内容细节,源站未提供。

【采集与来源】

数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“Mus musculus (ID 213739) - BioProject - NCBI”,项目编号为 213739,物种为 Mus musculus。数据以 BioProject 记录的形式对外发布,记录中提供指向该项目各类数据的链接。关于样本采集的具体流程、组织处理方式、测序或检测平台、数据产生时间等信息,源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签与标题信息,该数据集可用于涉及小鼠肺组织基因表达 / 转录组分析的研究场景,例如比较 Scnn1b 转基因小鼠与野生型小鼠在肺组织表达层面的差异,或作为呼吸系统相关研究中基因表达数据的参考来源。由于本地分类将其归入呼吸系统疾病 / 其他,该数据也可能在呼吸系统疾病相关研究背景下被检索和使用。关于该数据集已验证的具体应用案例或分析结论,源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 BioProject 编号 213739 在 NCBI BioProject 记录中定位该项目,并利用记录提供的链接查找该项目产生的各类数据。关于数据下载格式、文件组织方式、预处理步骤、分析工具与参数设置等具体使用指引,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集以 BioProject 记录形式发布,记录本身是项目相关数据的汇集入口。关于数据质量评估指标、样本完整性、数据覆盖度、已知技术偏差或使用限制等信息,源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、文献出处与许可条款,源站未提供。

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数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA213739

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Airway mucus obstruction triggers macrophage activation and MMP12-dependent emphysema Overall design: microarray expression profiling of lungs from Scnn1b-Tg mice to search for emphysema candidate genes

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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