基本信息

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基因组

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA206056：全肺与肺巨噬细胞基因表达反映气道表面脱水相关动态病理（仅左叶）

PRJNA206056 是一个来自 NCBI BioProject 的转录组或基因表达数据集，源站记录标题为“Mus musculus (ID 206056) - BioProject - NCBI”。该数据集聚焦小鼠全肺与肺巨噬细胞在气道表面脱水相关动态病理中的基因表达变化，并限定左叶样本。作为 BioProject 体系下的一项记录，它汇集了与单一研究计划相关的生物学数据，为用户提供查找该项目所产生多种数据类型的统一入口。本站将其归入呼吸系统疾病 / 其他分类，主题标签为 Transcriptome or Gene expression。整体而言，该数据集适合从基因表达层面观察气道表面脱水相关病理过程中全肺组织与肺巨噬细胞的转录变化，并以左叶样本作为取材范围。

【数据集背景】

该数据集对应 NCBI BioProject 中编号为 206056 的项目记录，物种为小鼠（Mus musculus）。从源站标题可以看出，该项目关注全肺与肺巨噬细胞中的基因表达，并明确将其与气道表面脱水相关的动态病理联系起来。BioProject 作为一项计划性记录，通常汇集来自单一组织或联盟的生物学数据，并提供指向该项目所生成各类数据的链接。本站分类将其置于呼吸系统疾病 / 其他之下，主题标签为转录组或基因表达，说明该项目的核心数据类型属于转录组层面。标题中的“[left lobe only]”表明该数据集在取材上限定为左叶，这一限定是理解其样本范围的重要背景信息。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，即转录组或基因表达数据。源站标题表明其内容涉及小鼠全肺和肺巨噬细胞两类样本中的基因表达信息，并与气道表面脱水相关的动态病理相联系。数据集名称中的“[left lobe only]”进一步说明，所涉及的肺组织样本限定为左叶。除上述信息外，关于具体样本数量、测序平台、表达矩阵格式、基因注释版本等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 记录，项目编号为 206056，物种为小鼠（Mus musculus）。源站描述指出，BioProject 是围绕单一研究计划汇集生物学数据的记录，来源于单一组织或联盟，并为用户提供查找该项目所产生多种数据类型的统一入口。该数据集即通过这一 BioProject 记录对外呈现。关于样本采集的具体流程、实验处理条件、测序或检测方法等，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题与标题信息，该数据集可用于关注气道表面脱水相关动态病理过程中基因表达变化的研究场景，尤其是需要同时考察全肺组织与肺巨噬细胞转录特征的分析。由于样本限定为左叶，它也适用于以左叶肺组织为取材对象、与该项目条件相匹配的表达数据比较或参考。本站将其归入呼吸系统疾病 / 其他分类，因此可作为呼吸系统疾病相关转录组研究的辅助数据资源。关于该数据集在其他具体研究设计中的适用性，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 记录（ID 206056）进行访问，BioProject 记录提供指向该项目所生成多种数据类型的链接，用户可据此查找相关数据。关于数据下载格式、分析流程、预处理步骤或配套工具等具体使用说明，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集在样本范围上明确限定为左叶（[left lobe only]），使用时应留意这一取材限制，避免将其直接等同于全肺所有肺叶的表达特征。其主题为转录组或基因表达，涉及全肺与肺巨噬细胞两类对象，但关于数据质量评估指标、样本量、重复设置、批次效应等信息，源站未提供。本站分类为呼吸系统疾病 / 其他，属于归类信息，不构成对数据质量的评价。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI BioProject（ID 206056），源站标题为“Mus musculus (ID 206056) - BioProject - NCBI”。关于该数据集的引用方式、许可条款或使用限制，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA206056

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下载信息

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数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA206056

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Scnn1b-Tg小鼠在气道Club细胞中过表达上皮钠通道β亚基(Scnn1b)。这些小鼠的一般表型已在三篇已发表的手稿中描述(Mall et al. 2004, Nature Medicine, 10(5):487-93; Mall et al. 2008, Am J Respir Crit Care Med. 177(7):730-42; Livraghi-Butrico et al. 2012, Physiol. Genomics 44(8):470-84; 以及 Livraghi-Butrico et al. 2012, Mucosal Immunology 5(4):397-408)。简言之，Scnn1b转基因在气道Club细胞中的过表达导致气道表面液体中钠的过度吸收，从而引起气道表面液体和黏液脱水，导致黏液清除减少和气道黏液阻塞。此处提供的数据代表来自雄性WT和Scnn1b转基因同窝仔鼠(C57Bl/6NTac背景)在4个时间点[出生后天数(PND)0、3、10和42]解剖的全肺的mRNA表达数据。组织学上，PND 0肺正常，PND 3时肺内气道表现出短暂且散在的Club细胞坏死，到PND 10时肺内主支气管近端部分可见明显的气道黏液阻塞。

在出生后第42天（PND 42），Scnn1b-Tg小鼠的肺部以慢性低水平炎症为特征，表现为活化的巨噬细胞、中性粒细胞增多、嗜酸性粒细胞增多以及支气管相关淋巴组织发生率增加。来自野生型（WT）小鼠的数据提供了mRNA出生后发育变化的全局视图，而来自Scnn1b转基因品系的数据则使得能够查询由气道表面液体脱水及黏液阻塞引起的差异基因表达。所呈现的肺部数据是评估肺（仅左叶）、气管和纯化巨噬细胞（来自支气管肺泡灌洗液）基因表达这一更大研究工作的一部分。总体设计：共分析了24个全肺（仅左叶）样本；每个基因型（野生型和Scnn1b转基因）在每个时间点各取三个样本。在我们的手稿中，我们最感兴趣的是WT与

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别