PRJNA206055：全肺与肺巨噬细胞基因表达反映气道表面脱水相关动态病理

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA206055

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Scnn1b-Tg小鼠在气道Club细胞中过表达上皮钠通道β亚基（Scnn1b）。这些小鼠的一般表型已在三篇已发表文献中描述（Mall et al. 2004, Nature Medicine, 10(5):487-93；Mall et al. 2008, Am J Respir Crit Care Med. 177(7):730-42；以及Livraghi-Butrico et al. 2012, Physiol. Genomics 44(8):470-84）。简言之，Scnn1b转基因在气道Club细胞中的过表达导致气道表面液体中钠的超吸收、气道表面液体和黏液脱水，以及黏液清除减少，并伴有黏液栓/斑块的积聚。此处提供的数据代表来自雄性WT和Scnn1b-Tg同窝仔鼠（C57Bl/6NTac背景）在4个时间点[出生后天数（PND）0、3、10和42]解剖的完整气管（远端和近端分别于喉下3-4个软骨环处和分叉正上方切断）的mRNA表达数据。PND 0气管组织学正常，约在PND 3时形成气管黏液栓/阻塞，到PND 10时黏液栓向更远端气道消退，到PND 42时气管组织学再次正常。

来自WT小鼠的数据提供了mRNA随时间变化的全局视图，而来自Scnn1b-Tg品系的数据则提供了可查询因黏液阻塞导致的差异基因表达的mRNA数据。所展示的纯化数据是评估全肺、气管和纯化巨噬细胞中基因表达更大规模工作的一部分。总体设计：共分析了30个巨噬细胞样本；在无特定病原体设施中饲养的野生型和Scnn1b转基因小鼠，每个时间点（出生后第0、3、10和42天）各取三个样本；以及在无菌设施中饲养的出生后第42天的野生型和Scnn1b转基因小鼠。在我们的手稿中，我们最感兴趣的是WT与Scnn1b-Tg小鼠之间的变化，然而，这些数据也可用于评估基因表达随时间的变化（出生后

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。