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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

小鼠急性肺损伤经MSCs或tpMSCs治疗后的肺单细胞RNA测序

PRJNA1536357 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的生物学项目，全称为“Single-cell RNA sequencing of mouse lung in acute lung injury treated with MSCs or tpMSCs”。该项目围绕小鼠急性肺损伤模型展开，对接受间充质干细胞（MSCs）或 tpMSCs 治疗后的肺组织进行单细胞RNA测序，旨在从单细胞水平获取肺组织的转录组或基因表达信息。项目归类于呼吸系统疾病 / 其他方向，数据主题标签为 Transcriptome or Gene expression，属于呼吸系统疾病研究领域中与细胞治疗相关的基因表达数据集。

【数据集背景】

急性肺损伤是一种以肺泡上皮和毛细血管内皮损伤、炎症反应失控为特征的临床综合征，其发病机制复杂，涉及多种细胞类型和信号通路的相互作用。间充质干细胞（MSCs）因其免疫调节和组织修复潜能，被视为急性肺损伤治疗的候选策略之一。tpMSCs 是该项目中与 MSCs 并列提及的一种治疗条件，但源站未提供其具体定义或修饰方式。该项目通过单细胞RNA测序技术，对经 MSCs 或 tpMSCs 治疗后的急性肺损伤小鼠肺组织进行转录组分析，以期在单细胞分辨率下观察肺组织内不同细胞群体的基因表达变化。该 BioProject 记录本身是一个项目级别的入口，用于汇集与这一研究计划相关的多种数据类型。

【数据内容】

该数据集的核心内容是单细胞RNA测序数据，来源于小鼠急性肺损伤模型中经 MSCs 或 tpMSCs 治疗后的肺组织。主题标签明确为 Transcriptome or Gene expression，表明数据主要反映转录组层面的基因表达信息。单细胞RNA测序能够区分肺组织内不同细胞类型的表达特征，因此该数据可用于研究治疗干预后肺组织细胞组成和转录状态的改变。除上述信息外，源站未提供样本数量、测序平台、细胞数、基因数、数据文件格式或具体分析结果等细节。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 1536357。BioProject 是 NCBI 提供的一种项目记录形式，用于汇集与某一研究计划相关的生物学数据，这些数据通常来自单一机构或联盟。BioProject 记录为用户提供一个统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。该项目的标题和描述表明其研究对象为小鼠肺组织，实验条件涉及急性肺损伤以及 MSCs 或 tpMSCs 治疗。关于样本采集地点、时间、伦理审批信息以及具体实验流程，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于呼吸系统疾病尤其是急性肺损伤相关的基础研究，可用于探索 MSCs 或 tpMSCs 治疗对肺组织转录组的影响。单细胞RNA测序数据适合用于细胞类型鉴定、细胞亚群比较、差异表达分析以及细胞间通讯推断等分析场景。此外，该数据也可作为呼吸系统疾病 / 其他分类下的参考数据，用于方法学比较或与其他肺损伤相关转录组数据集进行整合分析。由于主题标签为 Transcriptome or Gene expression，该数据主要服务于基因表达调控和转录组层面的研究需求。

【使用方法】

使用者可通过 NCBI BioProject 数据库访问该项目记录，项目编号为 1536357。BioProject 记录提供指向该项目所生成的不同数据类型的链接，用户可据此进一步获取原始测序数据或相关分析文件。具体的数据下载方式、文件格式、分析流程和软件参数，源站未提供。使用时应结合项目标题和描述确认数据与急性肺损伤、MSCs 或 tpMSCs 治疗及小鼠肺组织单细胞RNA测序的相关性。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 项目记录，提供的是项目级别的元数据入口，而非经过统一质控和标准化的最终分析结果。源站未提供关于数据质量评估、测序深度、细胞存活率、批次效应控制或技术重复等方面的信息。此外，tpMSCs 的具体含义、治疗剂量、给药途径和时间点等实验条件，源站均未提供。因此，在使用该数据集时，需注意其项目记录性质，并结合原始数据文件自行评估数据质量与适用性。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 1536357。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制以及是否允许再分发等具体条款，源站未提供。使用者应遵循 NCBI 及 BioProject 数据库的相关使用政策，并在发表研究成果时按照源站要求进行引用。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE348770

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1536357

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

急性肺损伤（ALI）是一种危及生命的综合征，以弥漫性肺泡损伤、过度炎症以及肺泡上皮细胞线粒体功能障碍为特征，其修复依赖于功能性线粒体从供体间充质基质细胞（MSCs）向受损上皮的转移。在此，我们用mTPT（一种靶向线粒体的胶束）对MSCs进行表面工程化改造，以生成治疗性编程MSCs（tpMSCs）。为了表征受损肺的细胞图谱以及对基于MSC治疗的反应，我们通过10x Genomics Chromium单细胞RNA测序（scRNA-seq）对四组BALB/c小鼠的全肺进行了分析：健康对照（Normal）、缺氧加LPS诱导的ALI模型（Model）、接受MSCs治疗的ALI（MSCs）以及接受tpMSCs治疗的ALI（tpMSCs）。每组5只小鼠的等量活细胞被合并为每种条件下的一个单细胞悬液。该数据集为解析受损肺的上皮、内皮、髓系和间充质区室，以及评估靶向线粒体的MSC工程化改造作为一种治疗策略，提供了单细胞资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别