基本信息

模态

时间序列

任务类型

回归

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA151047：受牵张与未受牵张的Calu-3肺上皮细胞表达水平

PRJNA151047 数据集聚焦于受牵张与未受牵张的人 Calu-3 肺上皮细胞之间的基因表达差异，来源于 NCBI。该数据集以转录组或基因表达为主题，采用人全基因组 U133 Plus 2.0 微阵列对两种状态细胞的 RNA 进行检测，旨在刻画机械牵张作用下肺上皮细胞基因表达谱的变化。其研究背景与呼吸机诱导肺损伤及其相关急性呼吸窘迫综合征的病理机制探索有关，整体属于呼吸系统疾病领域的基因表达数据集，可为相关目标基因筛选和炎症机制研究提供转录组层面的数据基础。

【数据集背景】

源站描述指出，呼吸机诱导肺损伤可导致急性呼吸窘迫综合征等严重状况，并与较高的死亡率相关，文中提及死亡率约为30%（Stapleton et al., Chest, 2005）。研究者的假设是，不同基因表达水平的改变有助于识别关键靶基因，这些基因可能影响该状况相关的炎症反应与结局。基于这一假设，研究采用人全基因组 U133 Plus 2.0 微阵列来详细刻画基因表达变化，并识别在此过程中上调的特定基因类别。该数据集即围绕牵张与非牵张条件下人 Calu-3 肺上皮细胞的表达谱比较而建立。

【数据内容】

数据集英文名称为“PRJNA151047: Expression levels in strained vs. non-strained Calu-3 lung epithelial cells”，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”。其核心数据为受牵张与未受牵张的人 Calu-3 肺上皮细胞的基因表达数据，检测平台为人全基因组 U133 Plus 2.0 微阵列。实验设计为：选取融合状态的非牵张与牵张人 Calu-3 细胞，进行 RNA 提取并在 Affymetrix 微阵列上杂交，以获取全基因组范围的表达信息。数据集所属分类为呼吸系统疾病 / 其他。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov。样本材料为人 Calu-3 肺上皮细胞，分为受牵张与未受牵张两组，均为融合状态细胞。采集流程包括 RNA 提取与 Affymetrix 微阵列杂交。除上述信息外，样本量、培养条件细节、牵张参数、RNA 提取试剂与杂交实验的具体操作步骤等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于研究机械牵张对肺上皮细胞转录组的影响，可用于比较受牵张与未受牵张 Calu-3 细胞之间的基因表达差异，识别牵张过程中上调的基因类别，并围绕呼吸机诱导肺损伤及急性呼吸窘迫综合征相关的炎症机制与候选靶基因开展探索性分析。其主题标签表明其用途集中在转录组或基因表达层面。

【使用方法】

使用时可基于该数据集进行受牵张与未牵张两组 Calu-3 细胞表达谱的差异比较，关注上调基因类别及可能的候选靶基因。由于数据来自 Affymetrix 人全基因组 U133 Plus 2.0 微阵列，分析时应按该平台对应的探针注释与预处理流程处理原始信号。具体的分析流程、标准化方法与统计阈值，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为微阵列基因表达数据，实验设计为两组细胞状态的比较。源站描述未提供重复数量、批次信息、质量控制指标或验证实验细节，相关质量评估信息源站未提供。研究背景中提及的死亡率数值来自所引文献，并非该数据集本身的统计结果。使用时应结合平台特征与实验设计谨慎解释表达变化。

【引用与许可】

源站描述中引用了 Stapleton et al., Chest, 2005 作为死亡率数据的来源。该数据集的正式引用方式、作者信息、发表文献及许可条款，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE34789

访问原始数据

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付，我们提供全链路闭环服务，让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持？联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

有偿下载

公开数据集受托下载与技术交付服务。

提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA151047

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

呼吸机所致肺损伤可导致如ARDS等严重病症，其死亡率较高（约30%，Stapleton等，Chest，2005）。我们假设不同基因表达水平的变化能引导我们发现关键靶基因，这些基因可能影响与该病症相关的炎症及结局。我们采用人类全基因组U133 Plus 2.0微阵列来详细描绘基因表达的变化，并在此过程中识别出不同类别的上调基因。总体设计：选择融合且未受力与受力的人Calu-3细胞进行RNA提取，并在Affymetrix微阵列上进行杂交。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别