基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

健康、脓毒症及脓毒症相关急性呼吸窘迫综合征的全转录组分析揭示RNA表达动态与ceRNA网络重塑[miRNA测序]

PRJNA1502841 是一项围绕脓毒症及其相关急性呼吸窘迫综合征（ARDS）展开的全转录组研究数据集，收录于 NCBI 站点，主题归类为转录组或基因表达。该数据集以微小 RNA（miRNA）测序为主要数据类型，同时覆盖外周血中 mRNA、长链非编码 RNA（lncRNA）、环状 RNA（circRNA）与 miRNA 的表达信息。研究共纳入 12 名参与者，划分为健康对照（HC）、无 ARDS 的脓毒症（SWA）与脓毒症相关 ARDS（SA）三组，每组各 4 人。数据集旨在系统刻画从健康状态经脓毒症进展为脓毒症相关 ARDS 过程中外周血全转录组的表达变化，为理解这一进程中的 RNA 表达动态与 ceRNA 网络重塑提供基础数据资源。

【数据集背景】

脓毒症相关急性呼吸窘迫综合征是感染相关器官功能障碍的严重表现形式，以免疫炎症反应失调和组织屏障破坏为特征。尽管脓毒症向脓毒症相关 ARDS 进展的临床意义明确，但其背后的全转录组层面改变仍缺乏系统刻画。该研究正是针对这一空白设计，试图通过对外周血中多类 RNA 分子的表达谱进行整体分析，揭示健康、脓毒症无 ARDS 与脓毒症相关 ARDS 三种状态之间的转录组差异及调控网络变化，尤其是竞争性内源 RNA（ceRNA）网络在该过程中的重塑情况。

【数据内容】

数据集的核心内容为外周血样本的全转录组表达数据，涵盖 mRNA、lncRNA、circRNA 和 miRNA 四类 RNA 分子的表达模式。研究设计包含三个对比组：健康对照组、无 ARDS 的脓毒症组以及脓毒症相关 ARDS 组，每组 4 名参与者，合计 12 人。数据集标题中标注为 miRNA-Seq，表明微小 RNA 测序是其重要组成部分；同时，源站描述明确指出研究对上述四类 RNA 的表达模式进行了系统表征，因此数据内容覆盖了从非编码 RNA 到编码 RNA 的多层次转录信息。主题标签为转录组或基因表达，与数据内容一致。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 收录的转录组研究项目。样本类型为外周血，取自上述三组参与者。源站描述提及外周血样本经过全转录组分析，但具体测序平台、建库方法、测序深度与数据处理流程等细节在现有信息中未完整呈现，相关技术参数源站未提供。数据集的分类归属为呼吸系统疾病下的其他类别，反映了其与呼吸系统疾病研究的关联。

【适用场景】

该数据集适用于研究脓毒症向脓毒症相关 ARDS 进展过程中的转录组动态变化，尤其适合关注外周血多类 RNA 分子表达谱差异的分析工作。潜在应用包括：比较三组之间 mRNA、lncRNA、circRNA 与 miRNA 的表达差异；探索 ceRNA 调控网络在疾病进展中的重塑；筛选与脓毒症相关 ARDS 发生发展相关的候选 RNA 标志物；以及为呼吸系统疾病与感染相关器官功能障碍的机制研究提供转录组层面的参考数据。由于样本来自外周血，该数据集也适合用于评估外周血转录组作为无创或微创监测手段的研究价值。

【使用方法】

使用者可依据 NCBI 站点提供的项目编号 PRJNA1502841 获取该数据集，并按照转录组测序数据的常规分析流程进行处理。分析时可围绕三组设计开展差异表达分析，分别比较健康对照与无 ARDS 的脓毒症、无 ARDS 的脓毒症与脓毒症相关 ARDS，以及健康对照与脓毒症相关 ARDS 之间的表达变化。针对 miRNA-Seq 数据，可进行 miRNA 表达定量与差异分析；结合 mRNA、lncRNA 与 circRNA 数据，可进一步构建 ceRNA 网络并分析其在不同疾病状态下的重塑。具体的数据格式、文件组织与预处理步骤需参照源站提供的说明，源站未提供的内容在此不作推断。

【质量与限制】

该数据集每组仅 4 名参与者，总样本量为 12 人，样本规模较小，统计效力与结果的普适性可能受到限制。数据仅涉及外周血样本，未涵盖其他组织类型，因此结论主要反映外周血转录组特征。源站描述未完整给出测序平台、数据质控指标、批次信息与临床变量等细节，相关质量参数源站未提供。使用者在解释差异表达与网络分析结果时，应充分考虑样本量、组间个体差异以及缺乏独立验证队列等因素。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI，项目编号为 PRJNA1502841。关于数据的具体引用方式、作者信息、发表文献以及使用许可条款，源站未提供，使用者应访问 NCBI 项目页面获取最新的引用与许可说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE341494

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1502841

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：脓毒症相关急性呼吸窘迫综合征（ARDS）是感染相关器官功能障碍的一种严重表现，其特征为免疫炎症反应失调和组织屏障破坏。然而，从脓毒症进展为脓毒症相关ARDS所涉及的全转录组改变仍未被充分阐明。因此，本研究旨在系统刻画健康对照、无ARDS的脓毒症患者及脓毒症相关ARDS患者外周血中mRNA、长链非编码RNA（lncRNA）、环状RNA（circRNA）和微小RNA（miRNA）的表达模式。方法：共纳入12名参与者，包括4名健康对照（HC组）、4例无ARDS的脓毒症患者（SWA组）和4例脓毒症相关ARDS患者（SA组）。采集外周血样本并进行全转录组测序。采用趋势分析识别在HC–SWA–SA序列中呈单调升高或降低的转录本。随后进行基因本体论和京都基因与基因组百科全书富集分析。

还进行了靶基因预测和表达相关性分析，以构建竞争性内源RNA（ceRNA）调控网络。结果：所有测序数据集均通过质量控制，适合后续分析。共鉴定出773个趋势基因，其中350个逐渐上调，423个逐渐下调。这些基因主要富集于免疫反应、细胞黏附、细胞因子产生、细胞外基质相关过程、MAPK和PI3K–Akt信号通路、整合素信号传导、黏着斑、ECM–受体相互作用以及抗原加工与呈递。共鉴定出189个趋势lncRNA、252个趋势circRNA和6个趋势miRNA。其预测功能与RNA代谢、翻译调控相关

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别