肺结节病 FFPE 肺组织激光显微切割肉芽肿与邻近非肉芽肿区域 Bulk RNA-seq
该数据集为 NCBI BioProject 收录的肺结节病研究项目，对 FFPE 肺组织中的肉芽肿区域与邻近非肉芽肿区域进行激光显微切割后开展 Bulk RNA-seq，用于获取转录组或基因表达数据
基本信息
资源简介
肺结节病 FFPE 肺组织激光显微切割肉芽肿与邻近非肉芽肿区域 Bulk RNA-seq
该数据集为 NCBI BioProject 收录的肺结节病研究项目，英文名称为“Bulk RNA-seq of laser-microdissected granuloma and adjacent non-granuloma regions from FFPE lung tissues of pulmonary sarcoidosis”。项目针对肺结节病患者的 FFPE 肺组织，采用激光显微切割技术分别获取肉芽肿区域与邻近非肉芽肿区域，并在此基础上开展 Bulk RNA-seq，用于获取转录组或基因表达数据。该数据集在分类上归属于呼吸系统疾病 / 其他，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。作为 BioProject 体系中的一项研究计划，它为研究者提供了一个集中获取该项目所产生各类生物数据的入口，有助于围绕肺结节病肉芽肿局部转录特征开展后续分析。
【数据集背景】
肺结节病是一种累及肺部的疾病，其典型病理特征之一是形成肉芽肿。该数据集所对应的研究项目聚焦于肺结节病，试图从转录组层面刻画肉芽肿区域与邻近非肉芽肿区域之间的基因表达差异。项目以 FFPE 肺组织为研究对象，这类组织在临床病理实践中较为常见，但通常需要借助特定技术手段才能获得区域特异性的表达信息。该 BioProject 记录作为一项由单一机构或联合体发起的生物学数据集合，旨在为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。源站描述指出，BioProject 记录本身并不等同于具体的数据文件，而是对相关生物数据的组织与链接。
【数据内容】
该数据集的核心内容是 Bulk RNA-seq 数据，来源于激光显微切割后的肉芽肿区域与邻近非肉芽肿区域。其主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明数据主要用于转录组或基因表达层面的研究。项目英文名称明确指出了样本类型为 FFPE 肺组织，并区分了肉芽肿与非肉芽肿两类区域。除上述信息外，关于具体样本数量、测序深度、数据文件格式与规模等细节，源站未提供。
【采集与来源】
数据来源于 NCBI BioProject，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 1456619。样本采集自肺结节病患者的 FFPE 肺组织，并经过激光显微切割处理，以分离肉芽肿区域和邻近非肉芽肿区域。该 BioProject 记录由单一组织或联合体发起，作为相关生物数据的集合入口。关于采集时间、地点、机构名称以及伦理审批等具体信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于围绕肺结节病肉芽肿局部转录特征的研究，例如比较肉芽肿区域与邻近非肉芽肿区域之间的基因表达差异，或探索与肉芽肿形成相关的转录组变化。由于数据主题标签为 Transcriptome or Gene expression，也可用于转录组或基因表达相关的分析工作。此外，该 BioProject 可作为查找该项目所产生各类数据的入口，便于研究者获取和整合相关数据。关于更具体的适用场景，源站未提供。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 记录查找该项目所链接的多种数据类型。该记录本身提供统一入口，帮助用户定位由该项目生成的数据。关于数据下载方式、分析流程、软件工具或具体操作步骤，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于 FFPE 肺组织，并采用激光显微切割获取肉芽肿与邻近非肉芽肿区域，这一设计有助于区域特异性转录组分析。但关于数据质量指标、测序质量、样本量、批次效应以及潜在限制等具体信息，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来源于 NCBI BioProject，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于引用方式、许可条款或使用限制等具体信息，源站未提供。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1456619
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
结节病是一种累及多器官、临床表现异质性大的系统性肉芽肿性疾病。为表征与肺结节病肉芽肿相关的转录特征，我们对来自肺结节病患者福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）肺组织标本的激光显微切割肉芽肿区域及邻近非肉芽肿区域进行了批量RNA测序。该数据集包含源自临床获取肺标本的配对区域样本。这些数据为研究肺结节病中与肉芽肿形成相关的局部基因表达差异提供了资源。总体设计：将肺结节病患者的FFPE肺组织标本切片并进行激光显微切割，以分离肉芽肿区域和邻近非肉芽肿区域。对每个标本的配对样本进行批量RNA测序，以比较与结节病肉芽肿形成相关的区域转录组谱。该数据集包含来自人肺组织的七对肉芽肿和非肉芽肿样本。
由于担心将个人可识别序列数据提交至开放获取平台，人类/患者样本的原始文件未提交至GEO。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
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