犬转录组或基因表达数据集(BioProject ID 1454118)
BioProject 记录汇集了由单一机构或联盟发起的同一项计划所产生的多种生物数据,并提供统一入口链接到该项目生成的不同数据类型

基本信息
资源简介
犬转录组或基因表达数据集(BioProject ID 1454118)
PRJNA1454118 是一个以家犬(Canis lupus familiaris)为研究对象的转录组或基因表达相关生物项目记录,收录于 NCBI 的 BioProject 数据库。BioProject 是围绕某一项研究计划汇集生物数据的记录形式,这些计划通常由单一机构或联盟发起。该记录为用户提供统一入口,便于查找和访问同一项目所生成的不同数据类型。本站将其归入呼吸系统疾病 / 其他类别,主题标签为转录组或基因表达。以下从背景、内容、来源、适用场景、使用方法、质量与限制以及引用与许可等方面进行介绍。
【数据集背景】
该数据集的英文名称为 PRJNA1454118: Canis lupus familiaris Transcriptome or Gene expression,源站标题为 Canis lupus familiaris (ID 1454118) - BioProject - NCBI。它属于 NCBI BioProject 体系下的一个项目记录。BioProject 的定位是汇集与单一研究计划相关的生物数据,这些计划来自单一机构或联盟,记录本身并不直接等同于某一类实验数据,而是作为项目层面的索引与入口存在。家犬作为该项目的物种对象,其转录组或基因表达信息构成了该项目的主题方向。本站将该数据集分类为呼吸系统疾病 / 其他,说明其在应用领域上可能与呼吸系统疾病研究存在关联,但具体研究问题需以源站记录为准。
【数据内容】
该项目的主题标签为 Transcriptome or Gene expression,表明其涉及转录组或基因表达层面的数据。BioProject 记录的作用是提供统一入口,链接到该项目生成的不同数据类型,因此该项目下可能包含多种类型的数据产物,而不仅限于单一实验或单一文件。源站描述指出,BioProject 记录使用户能够在一个位置找到指向该项目所生成各类数据的链接。关于该项目具体包含哪些样本、测序平台、数据文件格式或分析结果,源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,即 NCBI 的 BioProject 数据库。其记录标识为 ID 1454118,英文名称中包含 PRJNA1454118。项目发起方为单一机构或联盟,这是 BioProject 的一般性组织方式。关于样本采集地点、采集时间、采集方法、伦理审批信息以及具体发起机构名称,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于需要查找家犬转录组或基因表达相关项目入口的研究人员。由于 BioProject 提供统一链接入口,用户可借此定位该项目生成的不同数据类型,进而用于转录组分析、基因表达研究,或与呼吸系统疾病相关的比较研究等场景。本站分类为呼吸系统疾病 / 其他,提示其可能在该领域具有参考价值。关于该项目数据具体支持哪些分析类型或研究结论,源站未提供。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该记录,利用其提供的统一入口链接到项目生成的不同数据类型。使用时应以项目记录为索引,进一步跳转至具体数据资源。关于下载方式、数据格式、访问权限或是否需要特定工具,源站未提供。
【质量与限制】
BioProject 记录本身是项目层面的汇集与索引,其描述强调为用户提供查找不同数据类型的单一入口。该记录不必然包含完整的实验细节或分析结论。关于该项目的样本量、数据完整性、测序深度、质控指标或潜在偏差,源站未提供。本站分类为呼吸系统疾病 / 其他,该分类的具体依据源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来自 NCBI BioProject,源站标题为 Canis lupus familiaris (ID 1454118) - BioProject - NCBI。关于引用格式、许可条款、使用限制或数据共享政策,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1454118
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
呼吸道病毒-细菌共感染可在多个物种中引起严重疾病,然而其增强致病性的分子机制仍知之甚少。本项目提供了DH82 α犬巨噬细胞样细胞的RNA测序数据,这些细胞先与H3N8马甲型流感病毒(IAV)毒株A/equine/Sussex/1989和A/equine/Newmarket/5/2003共感染24小时,随后再与马链球菌兽疫亚种(SEZ)共感染6小时,或单独感染活性或热灭活的SEZ。RNA-seq分析显示,细菌感染是共感染期间转录变化的主要驱动因素,单独感染SEZ与共感染之间的差异表达基因差异极小。该数据集表征了宿主对这些重要马呼吸道病原体单一感染和共感染的转录反应,为病毒-细菌共感染发病机制的分子基础提供了见解。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失?
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