异基因造血干细胞移植后闭塞性细支气管炎支气管肺泡灌洗液单细胞RNA测序

该数据集为 BioProject 项目 PRJNA1380104,收录异基因造血干细胞移植后闭塞性细支气管炎患者支气管肺泡灌洗液的单细胞 RNA 测序数据,主题标签为 Transcriptome or Gene expression,属于呼吸系统疾病范畴

sra
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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA1380104: Single-cell RNA-seq of bronchoalveolar lavage from bronchiolitis obliterans after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

异基因造血干细胞移植后闭塞性细支气管炎支气管肺泡灌洗液单细胞RNA测序

PRJNA1380104 是一个聚焦于呼吸系统疾病领域的单细胞转录组研究项目,全称为“Single-cell RNA-seq of bronchoalveolar lavage from bronchiolitis obliterans after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation”。该项目收录了异基因造血干细胞移植后闭塞性细支气管炎患者支气管肺泡灌洗液的单细胞 RNA 测序数据,主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,在分类上归属于呼吸系统疾病范畴。项目记录托管于 NCBI 的 BioProject 数据库,用户可通过该记录集中获取与这一研究计划相关的多种数据类型链接。整体而言,该数据集为研究移植后闭塞性细支气管炎这一并发症的肺部细胞层面转录特征提供了原始数据入口。

【数据集背景】

该数据集对应的研究场景为异基因造血干细胞移植后的闭塞性细支气管炎。闭塞性细支气管炎是移植后可能出现的肺部并发症,而本项目采用单细胞 RNA 测序技术对支气管肺泡灌洗液进行分析,意在从单细胞分辨率层面获取转录组信息。项目以 BioProject 形式组织,BioProject 是围绕单一研究计划、由单一机构或联合体产生的生物学数据的集合,其记录为用户提供查找该项目所生成各类数据的统一入口。

【数据内容】

数据集的核心内容为支气管肺泡灌洗液样本的单细胞 RNA 测序数据,样本来源为异基因造血干细胞移植后闭塞性细支气管炎患者。主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,表明数据属于转录组或基因表达范畴。项目英文名称中明确标注了“Single-cell RNA-seq”与“bronchoalveolar lavage”,即测序对象为支气管肺泡灌洗液中的单细胞。除上述信息外,关于样本数量、细胞数、测序深度、基因表达矩阵的具体规模等,源站未提供。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,具体以 BioProject 记录形式呈现,项目编号为 PRJNA1380104,源站标题为“Single-cell RNA-seq of bronchoalveolar lavage from... (ID 1380104) - BioProject - NCBI”。样本采集部位为支气管肺泡灌洗液,采集对象为异基因造血干细胞移植后闭塞性细支气管炎患者。关于采集时间、采集地点、机构名称、伦理审批信息等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于呼吸系统疾病特别是移植后闭塞性细支气管炎相关的转录组研究,可用于探索支气管肺泡灌洗液中单细胞水平的基因表达特征。主题标签“Transcriptome or Gene expression”表明其可服务于基因表达分析类研究。由于数据以 BioProject 形式组织,用户可借助该记录定位并获取项目所生成的不同数据类型。关于具体的分析用途、疾病机制结论或临床转化方向,源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问编号为 PRJNA1380104 的项目记录,并经由该记录查找与项目关联的各类数据链接。BioProject 记录本身提供的是项目相关数据的集中入口,而非单一数据文件。关于数据下载的具体格式、处理流程、分析工具或代码,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 项目记录,其描述强调 BioProject 是围绕单一研究计划、来自单一机构或联合体的生物学数据集合,并提供查找各类数据的统一入口。关于数据质量指标、批次效应、样本量、覆盖度或技术限制等,源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可条款或使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1380104

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

慢性肺移植物抗宿主病(GVHD)和闭塞性细支气管炎综合征(BOS)是同种异体造血干细胞移植(allo-HSCT)后晚期非复发致病和死亡的主要原因。为剖析此背景下的气道免疫-上皮重塑及烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD⁺)代谢失衡,我们对来自allo-HSCT受者BOS病灶及匹配的非病灶气道的支气管肺泡灌洗液(BALF)进行了单细胞RNA测序。利用10x Genomics Single Cell 3′化学技术,我们构建了气道上皮、髓系和淋系细胞群体的整合图谱,并量化了BOS与对照区域之间细胞组成、巨噬细胞极化及NAD⁺轴基因程序的变化。该数据集为研究慢性肺GVHD、免疫-上皮串扰及以代谢为中心的治疗靶点提供了人类气道单细胞资源。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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