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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA137419：受牵张与未受牵张Calu-3肺上皮细胞表达水平数据集

PRJNA137419 数据集聚焦于受牵张与未受牵张的人 Calu-3 肺上皮细胞之间基因表达水平的比较，属于呼吸系统疾病相关转录组与基因表达研究。该数据集来源于 NCBI，采用人全基因组 U133 Plus 2.0 芯片对两种状态下的细胞样本进行表达谱检测，实验设置 3 个重复。其核心目的在于通过比较牵张刺激前后基因表达的变化，寻找可能影响炎症反应及相关临床结局的关键靶基因，为理解机械牵张所致肺上皮细胞反应提供表达层面的数据基础。整体来看，该数据集以体外细胞模型为对象，围绕牵张刺激这一实验条件组织样本与芯片数据，适合用于差异表达分析和候选基因筛选等转录组研究场景。

【数据集背景】

源站描述指出，呼吸机诱导的肺损伤可导致急性呼吸窘迫综合征（ARDS）等严重状况，并与较高的死亡率相关，文中提及死亡率约为 30%（Stapleton 等，Chest，2005）。研究者的假设是，不同基因表达水平的改变有助于识别关键靶基因，这些基因可能影响该状况相关的炎症及结局。基于这一背景，研究采用人全基因组 U133 Plus 2.0 微阵列来刻画基因表达变化，并识别在此过程中上调的 distinct classes of up-regulated genes。该数据集即围绕牵张与未牵张条件下人 Calu-3 肺上皮细胞的表达差异展开。

【数据内容】

数据集英文名称为“PRJNA137419: Expression levels in strained vs. non-strained Calu-3 lung epithelial cells”，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，本站分类归入呼吸系统疾病 / 其他。数据内容的核心是比较受牵张与未受牵张的人 Calu-3 肺上皮细胞的基因表达水平，所用平台为人全基因组 U133 Plus 2.0 芯片。源站描述提到，研究对汇合状态的未受牵张与受牵张人 Calu-3 细胞进行 RNA 提取并在 Affymetrix 微阵列上杂交，实验设 3 个重复。除上述信息外，样本量、具体基因列表、差异表达阈值及分析结果等细节源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。样本材料为人 Calu-3 肺上皮细胞，实验条件包括受牵张与未受牵张两种状态，选取汇合状态的细胞进行 RNA 提取，并在 Affymetrix 微阵列上完成杂交检测。实验设计包含 3 个重复。关于细胞培养细节、牵张参数、RNA 提取与杂交的具体流程、测序或芯片扫描参数等，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题与设计，该数据集适用于呼吸系统疾病相关研究中的转录组与基因表达分析，尤其是围绕机械牵张、肺上皮细胞反应、炎症相关候选基因筛选等方向的差异表达比较研究。由于实验直接比较受牵张与未受牵张的 Calu-3 细胞，可用于探索牵张刺激下表达上调的基因类别，并为后续关键靶基因的识别提供数据线索。具体应用范围应以源站描述和原始数据为准，源站未提供更详细的适用场景说明。

【使用方法】

源站描述表明该数据集基于 Affymetrix 人全基因组 U133 Plus 2.0 微阵列，实验包含 3 个重复，比较受牵张与未受牵张的人 Calu-3 细胞。使用者可据此组织两组样本的表达谱比较分析，围绕牵张与未牵张条件进行差异表达评估和候选基因筛选。关于数据下载方式、预处理步骤、归一化方法、统计模型与阈值设定等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集设置了 3 个重复，采用人全基因组 U133 Plus 2.0 芯片进行表达检测，样本为体外培养的人 Calu-3 肺上皮细胞，实验条件为受牵张与未受牵张。其局限在于研究基于细胞模型，源站描述未提供临床样本验证、样本量扩展、具体差异基因清单及统计效能等信息；关于数据质量评估指标、批次信息与缺失情况，源站未提供。

【引用与许可】

源站描述中提及 Stapleton 等（Chest，2005）作为背景引用。关于该数据集自身的正式引用文献、数据许可条款与使用限制，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE27128

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA137419

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

呼吸机相关性肺损伤可导致ARDS等严重病症，并与高死亡率相关（约30%，Stapleton等，Chest，2005）。我们假设不同基因表达水平的变化将有助于识别关键靶基因，这些基因可能影响与该病症相关的炎症和结局。我们使用人类全基因组U133 Plus 2.0微阵列来详细描述基因表达的变化，并在此过程中识别出不同类别的上调基因。总体设计：选择融合的未牵张和牵张的人Calu-3细胞进行RNA提取并在Affymetrix微阵列上杂交。实验进行了3次重复。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别