PRJNA1315205：2.3.4.4b分支H5N1甲型流感病毒在人呼吸道模型中显示高感染性

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1315205

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

高致病性禽流感A(H5N1)病毒2.3.4.4b分支目前正在美国的家禽、牛和其他哺乳动物中广泛传播，引发了对人畜共患传播和大流行潜力的担忧。为研究新出现的A/Cattle/Texas/063224-24-1/2024（H5N1b/2024）毒株相较于参考病毒株的致病性和宿主反应，我们对原代人呼吸道模型进行了bulk RNA测序，包括离体肺泡肺组织（aHuLu）、类器官来源的支气管上皮（brEp）和3D鼻腔气液界面上皮（nALI）。感染实验与H5N1/2004（分支1）、H3N2/1999（季节性甲型流感）和H5N8/2016（低致病性禽流感）平行进行。差异基因表达分析采用DESeq2进行，并将供体作为协变量纳入。该数据集提供了感染后24小时的全基因组转录谱，可用于跨人呼吸道各区域的病毒复制、宿主免疫激活和组织特异性反应的比较分析。

这些数据支持使用生理相关的人原代模型来评估新发甲型流感病毒的人畜共患风险。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。