PRJNA1299392：BAL液来源患者气道类器官模拟新生儿支气管肺发育不良损伤与治疗反应[氧气性别比较]
该数据集来自NCBI，聚焦新生儿支气管肺发育不良（BPD）。研究从插管早产儿BAL样本中构建气道类器官，发现其细胞异质性与人气道一致，含基底细胞祖细胞及分泌、纤毛、PNEC和hillock等分化上皮亚型
![PRJNA1299392: Patient-derived airway organoids from BAL fluid model injury and therapy responses in neonatal bronchopulmonary dysplasia [Oxygen Sex Comparisons]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/141781.jpg)
基本信息
资源简介
PRJNA1299392：BAL液来源患者气道类器官模拟新生儿支气管肺发育不良损伤与治疗反应[氧气性别比较]
PRJNA1299392 数据集来自 NCBI，聚焦新生儿支气管肺发育不良（BPD）的体外模型研究。该研究针对胎儿与新生儿肺组织难以获取、活体患者细胞采集困难的现实问题，提出并验证了从插管早产儿支气管肺泡灌洗液（BAL）样本中构建气道类器官的思路。研究显示，BPD 患者 BAL 来源的气道类器官呈现与人类气道一致的细胞异质性，包含基底细胞祖细胞以及分泌细胞、纤毛细胞、PNEC 和 hillock 细胞等多种分化上皮亚型；在超氧暴露和地塞米松处理下，类器官出现显著的细胞转录变化并凸显相关生物学通路。数据集主题标签为转录组或基因表达，属于呼吸系统疾病分类下的其他类数据资源。
【数据集背景】
新生儿支气管肺发育不良是一种发生于早产儿的慢性肺部疾病，其发生发展与氧疗、炎症等因素相关。研究该类疾病需要能够反映患者气道上皮真实构成的模型，但胎儿和新生儿肺组织样本获取困难，从病情进展中或已确诊的活体患者身上采集细胞同样极具挑战性。该数据集所对应的研究据此提出假设：从已确诊 BPD 的插管早产儿 BAL 样本中衍生的气道类器官，能够重现人类气道中观察到的上皮异质性，并可用于在体外研究损伤与治疗反应。这一背景决定了该数据集的核心价值在于以患者来源的类器官为桥梁，把临床样本与可控的体外实验条件连接起来。
【数据内容】
数据集的主题标签为转录组或基因表达，说明其数据主体为基因表达层面的测量结果。研究对象的细胞学特征在描述中有明确交代：BPD 患者 BAL 来源的气道类器官具有与人类气道一致的细胞异质性，含有基底细胞祖细胞，以及分泌细胞、纤毛细胞、PNEC 和 hillock 细胞等一系列分化上皮亚型。数据集的名称中包含“Oxygen Sex Comparisons”，提示数据涉及氧气条件与性别因素的比较设计。在实验处理方面，超氧暴露和地塞米松处理引起了显著的细胞转录变化，并凸显出特定的生物学通路。除上述内容外，样本数量、测序平台、具体基因或通路名称等细节源站未提供。
【采集与来源】
数据来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov）。生物样本为插管早产儿的支气管肺泡灌洗液，研究对象为已确诊 BPD 的新生儿患者。研究利用这些 BAL 样本衍生构建气道类器官，作为体外研究损伤与治疗反应的模型。关于样本采集的具体时间点、纳入与排除标准、伦理审批信息以及样本量等，源站未提供。
【适用场景】
基于其内容特征，该数据集适用于以下方向：研究新生儿 BPD 中气道上皮的细胞组成与异质性；在体外模型中考察超氧暴露对气道上皮转录状态的影响；评估地塞米松等治疗处理引起的转录变化及相关生物学通路；比较不同氧气条件与性别因素下的表达差异；以及为患者来源类器官作为气道疾病体外模型的可行性提供表达层面的参考。需要说明的是，这些场景均围绕数据集中已描述的类器官、处理条件和比较设计展开，不涉及清单之外的特定分析结论。
【使用方法】
该数据集属于转录组或基因表达类数据，常规使用方式是对表达测量结果进行差异表达分析、通路层面分析与样本间比较，以对应研究中超氧暴露和地塞米松处理所引发的转录变化。由于数据集名称标明氧气与性别的比较设计，分析时可按这两个因素对样本进行分组比较。具体的文件格式、数据处理流程、标准化方法与分析参数源站未提供，使用前应查阅源站记录以获取原始数据与配套信息。
【质量与限制】
该数据集的一个明确限制来自样本来源本身：胎儿和新生儿肺组织难以获得，活体患者细胞采集困难，因此患者来源类器官模型在样本获取上存在固有约束。研究采用的是体外类器官模型，其细胞异质性虽与人类气道一致，但仍是体外培养体系。此外，数据仅覆盖转录组或基因表达层面。关于样本量、批次效应、重复性验证、数据完整性等质量指标，源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。使用该数据集前，应访问 NCBI 上的对应记录以确认引用要求与使用条款。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1299392
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
胎儿和新生儿肺组织样本难以获取，而从患有进展性或已确诊疾病的活体患者中获取细胞极具挑战性。我们假设，从已确诊支气管肺发育不良（BPD）的插管早产儿支气管肺泡灌洗液（BAL）样本中衍生的气道类器官，将重现人类气道中所见的上皮异质性，并可用于体外研究损伤及治疗反应。BPD患者BAL来源的气道类器官表现出与人类气道中所观察到的细胞异质性一致的特征。来自已确诊BPD患者的BAL样本衍生气道类器官包含基底细胞祖细胞以及一系列分化上皮亚型，包括分泌细胞、纤毛细胞、肺神经内分泌细胞（PNECs）和丘状细胞。高氧暴露和地塞米松治疗引起了显著的细胞转录变化，并凸显了已知和新发现的生物学通路。性别作为一个生物学变量，调节着BAL来源的气道类器官对高氧暴露和地塞米松治疗的反应。我们还在来自人类BPD肺样本的独立数据集中验证了我们的发现。
支气管肺泡灌洗液衍生的人肺类器官代表了一种前沿模型，弥合了支气管肺发育不良研究中的关键缺口。它们兼具患者特异性和捕捉肺部发育生物学的优势，以及体外系统的实验灵活性。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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