BAL来源气道类器官研究新生儿支气管肺发育不良单细胞数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1299384

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胎儿和新生儿肺组织样本难以获取，而从患有进展性或已确诊疾病的活体患者中获取细胞极具挑战性。我们假设，从已确诊支气管肺发育不良（BPD）的插管早产儿支气管肺泡灌洗液（BAL）样本中衍生的气道类器官，将重现人类气道中所见的上皮异质性，并可用于体外研究损伤及治疗反应。BPD患者BAL来源的气道类器官表现出与人类气道中所观察到的细胞异质性一致的特征。来自已确诊BPD患者的BAL样本衍生气道类器官包含基底细胞祖细胞以及一系列分化上皮亚型，包括分泌细胞、纤毛细胞、肺神经内分泌细胞（PNECs）和丘状细胞。高氧暴露和地塞米松治疗引起了显著的细胞转录变化，并凸显了已知和新发现的生物学通路。性别作为一个生物学变量，调节着BAL来源的气道类器官对高氧暴露和地塞米松治疗的反应。我们还在来自人类BPD肺样本的独立数据集中验证了我们的发现。

支气管肺泡灌洗液衍生的人肺类器官代表了一种前沿模型，弥合了支气管肺发育不良研究中的关键缺口。它们兼具患者特异性和捕捉肺部发育生物学的优势，以及体外系统的实验灵活性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。