PRJNA1299378：新生儿支气管肺发育不良患者BAL液来源气道类器官损伤与治疗反应模型（氧气 vs 室内空气）
该数据集来自NCBI，主题为转录组或基因表达，聚焦新生儿支气管肺发育不良（BPD）。研究利用插管早产儿BAL样本构建气道类器官，验证其可重现人气道上皮异质性，包含基底细胞祖细胞及分泌细胞、纤毛细胞、PNECs和hillock细胞等分化亚型
![PRJNA1299378: Patient-derived airway organoids from BAL fluid model injury and therapy responses in neonatal bronchopulmonary dysplasia [Oxygen vs Room Air]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/141783.jpg)
基本信息
资源简介
PRJNA1299378：新生儿支气管肺发育不良患者BAL液来源气道类器官损伤与治疗反应模型（氧气 vs 室内空气）
PRJNA1299378 数据集来自 NCBI，主题为转录组或基因表达，聚焦新生儿支气管肺发育不良（BPD）。该研究针对胎儿及新生儿肺组织难以获取、活体患者细胞采集困难的现实问题，提出利用插管早产儿支气管肺泡灌洗液（BAL）样本构建气道类器官，以在体外重现人气道上皮异质性并研究损伤与治疗反应。数据集以氧气与室内空气对比为设计线索，记录了 BPD 患者 BAL 来源气道类器官在细胞组成与转录层面的特征，属于呼吸系统疾病领域的转录组研究资源。
【数据集背景】
支气管肺发育不良是早产儿常见的慢性呼吸系统疾病。研究肺组织通常依赖胎儿或新生儿样本，但这类组织难以获得；对于疾病正在演变或已经确立的活体患者，捕获其气道细胞同样极具挑战。基于这一背景，研究提出假设：从已确诊 BPD 的插管早产儿 BAL 样本中衍生的气道类器官，能够重现人气道中观察到的上皮异质性，并可用于在体外研究损伤与治疗反应。该数据集正是围绕这一假设产生的转录组或基因表达数据集合，分类上归入呼吸系统疾病下的其他类别。
【数据内容】
数据集的主题标签为转录组或基因表达。研究显示，BPD 患者 BAL 来源的气道类器官表现出与人气道一致的细胞异质性，其中包含基底细胞祖细胞，以及分泌细胞、纤毛细胞、PNECs 和 hillock 细胞等一系列分化上皮亚型。在实验处理方面，高氧暴露和地塞米松处理引起了显著的细胞转录变化，并凸显了相关生物学通路。数据集名称中标注了氧气与室内空气的对比，表明数据涉及不同气体暴露条件下的比较。除上述内容外，源站未提供更细化的数据文件构成说明。
【采集与来源】
数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。样本材料为插管早产儿的 BAL 样本，研究对象为已确诊 BPD 的新生儿；类器官由这些 BAL 样本衍生而来。研究同时提及胎儿和新生儿肺组织样本获取困难这一总体背景，但该数据集的核心材料是 BPD 患者 BAL 来源的气道类器官。关于样本量、采集时间、具体中心等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究新生儿 BPD 中气道上皮的细胞异质性与分化亚型构成，也适用于在体外模型中考察高氧暴露和地塞米松处理所引发的转录变化及相关生物学通路。由于类器官可重现人气道上皮异质性，该资源可用于损伤与治疗反应相关的机制探索，并为以转录组或基因表达为主题的分析提供数据基础。其他具体应用方向源站未提供。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明，包括数据处理流程、分析参数或操作步骤等均未提及。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量评估、批次效应、样本代表性或技术限制的专门说明。可确认的限制性背景是：胎儿和新生儿肺组织难以获取，活体患者细胞采集困难，这构成了研究采用 BAL 来源类器官方法的出发点。其他质量与限制信息源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可条款信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1299378
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
胎儿和新生儿肺组织样本难以获取，而从患有进展性或已确诊疾病的活体患者中获取细胞极具挑战性。我们假设，从已确诊支气管肺发育不良（BPD）的插管早产儿支气管肺泡灌洗液（BAL）样本中衍生的气道类器官，将重现人类气道中所见的上皮异质性，并可用于体外研究损伤及治疗反应。BPD患者BAL来源的气道类器官表现出与人类气道中所观察到的细胞异质性一致的特征。来自已确诊BPD患者的BAL样本衍生气道类器官包含基底细胞祖细胞以及一系列分化上皮亚型，包括分泌细胞、纤毛细胞、肺神经内分泌细胞（PNECs）和丘状细胞。高氧暴露和地塞米松治疗引起了显著的细胞转录变化，并凸显了已知和新发现的生物学通路。性别作为一个生物学变量，调节着BAL来源的气道类器官对高氧暴露和地塞米松治疗的反应。我们还在来自人类BPD肺样本的独立数据集中验证了我们的发现。
支气管肺泡灌洗液衍生的人肺类器官代表了一种前沿模型，弥合了支气管肺发育不良研究中的关键缺口。它们兼具患者特异性和捕捉肺部发育生物学的优势，以及体外系统的实验灵活性。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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