PRJNA1175717：Gpnmb与Spp1标记肺内保守的巨噬细胞损伤反应并掩盖纤维化特异性编程

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1175717

标准获取流程：

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数据说明

巨噬细胞对于损伤后肺部的健康修复是必需的，但它们也与驱动伴有纤维化的修复失调有关。肺损伤的这两种截然不同的结果是如何由不同的巨噬细胞亚群介导的尚不清楚。为了评估这一点，对来自经脂多糖或博来霉素处理的小鼠的肺巨噬细胞进行了单细胞RNA测序。巨噬细胞根据解剖位置（气腔与间质）、发育起源（胚胎来源与招募的单核细胞来源）、炎症刺激后的时间以及损伤模型进行分类。对整合数据集的分析显示，巨噬细胞亚群的聚类是由巨噬细胞起源和组织区室驱动的，而不是由损伤模型驱动的。在两种损伤模型中均存在表达Gpnmb的招募巨噬细胞，这些细胞富集了通常与纤维化相关的基因。在人类纤维化性和非纤维化性肺疾病的数据集中也鉴定出了类似的表达GPNMB的巨噬细胞。我们得出结论，该亚群代表了对组织损伤的一种保守反应，并且不足以驱动纤维化。

除这一保守反应外，我们还发现，在纤维化修复过程中，被募集的巨噬细胞未能获得类驻留型程序化特征。总体而言，纤维化性与非纤维化性组织修复的差异取决于巨噬细胞亚群程序化的动态变化以及被募集巨噬细胞的持续存在。总体设计：雄性驻留型间质巨噬细胞（IM）谱系示踪小鼠（经气管内注射脂多糖或博来霉素处理。分别在脂多糖处理后第3、6和15天以及博来霉素处理后第3、7和14天采集肺组织。同时从未处理小鼠（第0天）采集肺组织。对于每个时间点和每组，通过FACS分选从肺中分离白细胞以区分：1）所有CD45+细胞，2）所有气腔巨噬细胞，3）驻留型间质巨噬细胞，或4）被募集（单核细胞来源）的间质巨噬细胞

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。