PRJNA1075110：IRF1-AS1调控IRF1转录活性及ARDS巨噬细胞M1极化研究
该数据集来自NCBI，围绕ARDS中反义长链非编码RNA IRF1-AS1抑制IRF1转录活性并调控巨噬细胞M1极化的功能与机制研究
基本信息
资源简介
PRJNA1075110：IRF1-AS1调控IRF1转录活性及ARDS巨噬细胞M1极化研究
PRJNA1075110 数据集来自 NCBI，围绕急性呼吸窘迫综合征（ARDS）中反义长链非编码 RNA IRF1-AS1 抑制 IRF1 转录活性并调控巨噬细胞 M1 极化的功能与机制研究而建立。该研究通过高通量测序结合后续细胞与动物实验，发现 IRF1 的反义长链非编码 RNA（IRF1-AS1）可与 IRF1 的内含子区域结合，抑制其转录活性，进而调控 ARDS 中巨噬细胞的活化与炎症诱导的肺损伤。数据集在站内归入呼吸系统疾病 / 其他类别，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，整体设计涵盖 ChIP-seq、ATAC-seq 与 RNA-seq 等多类测序数据。
【数据集背景】
急性呼吸窘迫综合征是一种以严重炎症和肺损伤为特征的呼吸系统疾病，巨噬细胞的活化状态尤其是 M1 极化在其中发挥重要作用。该数据集对应的研究聚焦于反义长链非编码 RNA 在转录水平调控 IRF1 的机制，旨在阐明 IRF1-AS1 与 IRF1 内含子区域结合后如何抑制 IRF1 的转录活性，并进一步影响巨噬细胞活化及炎症诱导的肺损伤。研究采用高通量测序与后续细胞、动物实验相结合的策略，从转录组、染色质结合与染色质可及性等多个层面刻画这一调控关系。
【数据内容】
数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，包含通过 ChIP-seq/ATAC-seq 和 RNA-seq 产生的测序数据。这些数据用于检测特定抗体富集的染色质结合区域、染色质开放状态以及基因表达谱，从而支撑对 IRF1-AS1 与 IRF1 内含子区域结合及其对转录活性抑制作用的分析。数据的具体样本数量、测序深度、文件格式与数据量等信息源站未提供。
【采集与来源】
数据来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov）。研究材料为取自医院生物样本库的 CD14 细胞，经体外集落刺激因子诱导 48 小时后，对以 LPS 和 IFNγ 处理 24 小时的细胞提取总 RNA 和 DNA，并使用特异性抗体和检测试剂盒完成 ChIP-seq/ATAC-seq 与 RNA-seq 实验。样本的个体数量、供者信息及伦理审批细节源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于呼吸系统疾病特别是 ARDS 相关的基础研究，可用于分析巨噬细胞在 LPS 与 IFNγ 刺激下的基因表达变化、IRF1 相关染色质结合与染色质可及性特征，以及反义长链非编码 RNA 调控转录活性的机制研究。也可作为转录组与表观遗传测序数据分析流程的参考数据，用于方法学比较与验证。具体的疾病分型、临床表型关联等应用信息源站未提供。
【使用方法】
使用者可依据 NCBI 平台提供的访问方式获取该数据集，并按照 ChIP-seq、ATAC-seq 与 RNA-seq 数据的常规分析流程进行比对、峰检测、差异表达与富集分析。由于源站未提供具体的文件清单、参考基因组版本与分析参数，使用前需自行确认数据组织方式与元数据说明。数据的具体下载地址与访问编号细节源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于高通量测序与细胞、动物实验产生，具备多层面数据相互印证的设计特点。但样本规模、重复数、测序质量指标、批次效应及验证实验结果等质量相关信息源站未提供，使用时应结合原始数据质控结果自行评估。数据仅覆盖研究所涉及的 CD14 细胞处理体系，向其他细胞类型或临床样本的外推需谨慎。
【引用与许可】
该数据集来自 NCBI，使用时应遵循 NCBI 的相关数据使用政策并引用对应研究。具体的文献引用信息、作者列表与许可条款源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1075110
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
通过高通量测序以及进一步的细胞和动物实验，我们发现IRF1的反义长链非编码RNA（IRF1-AS1）与IRF1的内含子区域结合，抑制其转录活性，从而调控ARDS中巨噬细胞活化及炎症诱导的肺损伤。总体设计：CD14细胞取自本院生物样本库。体外经集落刺激因子诱导48小时后，从经LPS和IFNγ处理24小时的细胞中提取总RNA和DNA。使用特异性抗体和检测试剂盒进行ChIP-seq/ATAC-seq和RNA-seq。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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