Sin3a肺间充质细胞特异性敲除小鼠单细胞转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1032023

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

先天性膈疝（CDH）是一种常见且严重的先天性畸形，以膈肌、肺和肺血管发育缺陷为特征。尽管CDH的发生率和严重程度较高，但其潜在的发育机制尚不清楚。我们在两名CDH患者中发现了SIN3A功能缺失序列变异。为了解CDH的遗传和发育机制，我们构建了在肺间充质中缺乏Sin3a表达的Sin3a条件性敲除小鼠。SIN3A已被证明在发育过程中发挥关键作用，指导细胞谱系特化和细胞周期。我们通过Sin3a CKO小鼠的肺整体转录组分析发现，SIN3A缺失导致间充质细胞分化受损。为了研究SIN3A缺失对间充质细胞分化的影响，我们采用荧光激活细胞分选（FACS）分离发生Sin3a重组的细胞。随后，我们对来自胚胎第16天（E16）Sin3a CKO和对照肺的已分选间充质细胞进行了单细胞转录组分析。

本数据集包含来自Sin3a条件性敲除（CKO）小鼠和对照小鼠经FACS分离的重组肺间充质细胞的表达数据。Sin3a CKO小鼠在肺间充质中由Tbx4rtta; tetocre介导Sin3a的条件性缺失（Tbx4rtta; tetocre; Sin3a flox/flox CKO）。对照小鼠在肺间充质中为Sin3a杂合子（Tbx4rtta; tetocre; Sin3a flox/WT）。这些数据用于鉴定因肺间充质中Sin3a缺失引起的转录变化。总体设计：在E16时收集2只对照和2只Sin3a CKO小鼠的肺。我们在该阶段对对照和Sin3a CKO样本之间的差异基因表达进行了比较。贡献者：University of Wisconsin-Madison Gene Expression Center 贡献者：University of Wisconsin-Madison Gene Bioinformatics Center

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。