Prevotella stercorea 定义连接肠道微生物组与感染易感性的双重生态通路

数据集获取

源站：https://doi.org/10.17632/fr5p4cgc7j.2

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数据集大小约 1.8 MB。

数据说明

研究假设 我们假设，先前在冈比亚儿童中与感染风险降低相关的Prevotella stercorea，通过两条机制上不同的生态途径发挥保护作用：一条是通过微生物组丰富度和定植抵抗发挥作用的群落介导途径，另一条是不依赖群落结构的物种自主途径。我们进一步假设，物种自主途径的表达受宿主免疫代谢储备的调节，该储备以年龄别体重z评分（WAZ）进行操作化衡量，并反映在宿主炎症表型中。数据所示 该数据集包含来自冈比亚农村地区IHAT-GUT随机对照试验（NCT02941081）中633名6–35月龄儿童的物种水平肠道微生物组分类丰度数据、临床元数据、人体测量指标、炎症生物标志物和不良事件记录。粪便样本在随访第1天、第15天和第85天采集。不良事件，包括急性呼吸道感染（ARI）、腹泻、发热和感染相关疾病，在113天内前瞻性记录。

系统性炎症生物标志物包括C反应蛋白（CRP）、α-1-酸性糖蛋白（AGP）和粪便钙卫蛋白。值得注意的发现是，P. stercorea在所有时间点均正向预测肠道微生物组丰富度，这与其在群落组装和定植抵抗中的作用一致。然而，其与急性呼吸道感染（ARI）频率降低的关联（IRR = 0.946，p = 0.002）在丰富度校正后保持不变，而丰富度本身与ARI无关，支持了一条独立于丰富度、物种自主的途径。相比之下，腹泻结局显示出方向一致的部分丰富度中介证据。一个共现的同属菌种P. copri尽管与丰富度具有相当的关联，但在联合模型中未保留独立的ARI关联，表明存在物种特异性。宿主背景会修饰这些关系：在WAZ较低的儿童中

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。