住宅空气微生物与儿童下呼吸道感染论文的元数据及phyloseq R对象

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.7599213

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 12.1 MB。

数据说明

这些可直接加载的phyloseq R S4对象包含ASV表、分类表和样本元数据（细菌16S V5-V6和真菌ITS1）。该数据集使用DaDa2（版本1.22.0）和phyloseq（版本1.38.0）R包，基于SILVA（v128）和UNITE（v7.2）微生物数据库构建。随附的（同行评审）科学文章/测序数据可在此处找到：https://doi.org/10.1016/j.envres.2023.116063 研究摘要：Adekunle G. FAKUNLE, Nkosana JAFTA, Alex BOSSERS, Inge M. WOUTERS, Warner van KERSEN, Rajen N. NAIDOO, Lidwien A.M SMIT 住宅微生物组成可能促进儿童下呼吸道感染（LRTI）的发生，但这种关联尚不清楚。我们旨在研究尼日利亚伊巴丹室内空气传播灰尘中的细菌和真菌微生物群与儿童LRTI之间的关系。共招募了98名因LRTI住院的五岁以下儿童，并按年龄（±3个月）、性别和地理位置与99名无LRTI的社区对照进行匹配。

在14天期间内，对参与者的住所进行走访并使用静电降尘采集器（EDC）采集空气中的室内灰尘样本。在空气灰尘样本中，通过宏条形码方法对细菌和真菌群落组成进行表征，该方法使用的扩增子同时靶向细菌16S rRNA基因和真菌内部转录间隔区（ITS）区域1，并分别与SILVA和UNITE数据库进行关联分析。室内灰尘细菌丰富度每变化100个单位（OR 1.06；95%CI 1.03-1.10）以及Shannon多样性每变化1个单位（OR 1.92；95%CI 1.28-3.01），均在调整其他室内环境风险因素后与儿童下呼吸道感染（LRTI）独立相关，而真菌丰富度则无此关联。Beta多样性分析显示，病例住所与对照住所之间，细菌（PERMANOVA p < 0.001，R2 = 0.036）和真菌（PERMANOVA p < 0.001，R2 = 0.028）群落组成存在显著差异

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。