COPD肺部CT改变对人肺微生物组的影响

数据集获取（Figshare）

• 源站标题：Influence of lung CT changes in chronic obstructive pulmonary disease (COPD) on the human lung microbiome
• DOI：10.1371/journal.pone.0180859
• 发布日期：2017-07-13
• 文件数：8 个
• 文件总体积：2.65 MB
• 源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Influence_of_lung_CT_changes_in_chronic_obstructive_pulmonary_disease_COPD_on_the_human_lung_microbiome/5205610

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curl -L -o "S7 Fig.pdf" "https://ndownloader.figshare.com/files/8895214"

文件清单

• S1 Table.doc（43.01 KB）
• S1 Fig.pdf（407.73 KB）
• S2 Fig.pdf（369.98 KB）
• S3 Fig.pdf（160.51 KB）
• S4 Fig.pdf（373.65 KB）
• S5 Fig.pdf（476.71 KB）
• S6 Fig.pdf（419.99 KB）
• S7 Fig.pdf（400.11 KB）

文件总体积 2.65 MB（源站 API 实测）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

背景
中重度COPD患者肺部微生物群落组成的变化已有充分文献记载。然而，关于人类肺部与CT定义异常相关的特定微生物组结构，目前所知有限。方法
采用不依赖培养的条形码方法，对16S rRNA基因片段扩增子进行454焦磷酸测序，分析了来自16例不同CT定义COPD亚型患者及9例健康受试者肺部刷检样本的细菌群落组成。结果
我们能够表明，CT存在改变（气道型或肺气肿型改变， designated为重度亚型）的患者细菌群落组成与CT无可见改变的患者肺部群落组成以及健康受试者（designated为轻度COPD亚型和对照组）不同（PC1，Padj = 0.002）。轻度COPD亚型患者和对照组样本中普雷沃菌属丰度较高，重度亚型病例中链球菌属丰度较高，这主要促成了受试者细菌群落的分离。

在COPD病例中，无论CT是否存在异常，在PCoA分析中均未检测到吸入性糖皮质激素治疗对细菌群落组成有显著影响。共现分析提示存在共现细菌网络。发现了四个正相关细菌群落。通过其与CT定义的疾病表型的关联，可以清晰地区分这些微生物群落。结论

我们的研究结果表明，COPD患者肺部CT可检测到的结构改变（我们称之为严重亚型）与细菌群落的变化相关，这可能进一步引起微生物与宿主细胞之间相互作用的改变。这可能导致与宿主免疫系统的相互作用发生变化。

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pone.0180859（source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/Influence_of_lung_CT_changes_in_chronic_obstructive_pulmonary_disease_COPD_on_the_human_lung_microbiome/5205610）。