烟曲霉SREBP SrbA的ChIP-seq分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE61974

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

烟曲霉的甾醇调节元件结合蛋白（SREBP）SrbA属于碱性螺旋-环-螺旋（bHLH）转录因子家族，对真菌的抗药性和毒力至关重要。后一表型尤为显著，因为SrbA的缺失会导致侵袭性肺曲霉病（IPA）小鼠模型中毒力的完全丧失。真菌SREBP如何介导真菌毒力尚不清楚，尽管有观点认为缺氧条件下生长受限是毒力减弱的原因。为进一步了解SrbA在真菌感染部位病理生物学中的作用，采用染色质免疫沉淀结合大规模并行DNA测序（ChIP-seq）技术，鉴定了缺氧条件下受SrbA直接转录调控的基因。这些结果证实了缺氧条件下SrbA对麦角甾醇生物合成和铁摄取的直接调控，并揭示了SrbA在硝酸盐同化和血红素生物合成中的新作用。此外，对一个与SrbA序列相似的SrbA靶基因进行功能表征，鉴定出一个新的真菌缺氧反应和毒力的转录调控因子SrbB。

在低氧条件下，SrbB与SrbA共同调控参与血红素生物合成和C4甾醇去甲基化的基因。然而，SrbB也具有独立于SrbA的调控功能，包括对碳水化合物代谢的调控。SrbB缺失显著减弱烟曲霉的毒力，而两个SREBP同时缺失则进一步降低体内真菌生长。这些数据表明，烟曲霉的两个SREBP对低氧适应和毒力均至关重要，并揭示了SREBP在感染部位适应和真菌毒力中复杂作用的新见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。