烟曲霉生物膜发育转录分析揭示维持所需代谢转变

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE298422

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数据说明

烟曲霉是一种存在于堆肥和土壤中的丝状真菌，可在广泛的人群中引起侵袭性和/或慢性疾病。曲霉病的诊断和治疗往往发生在感染阶段，此时烟曲霉已在肺内形成密集的菌丝网络。这些密集的菌丝网络是多细胞的，包裹在细胞外基质层中，并且对当代抗真菌药物的敏感性降低，这些特征是微生物生物膜的定义性特征。使用静态、浸没式生物膜培养模型，可以在体外重现与体内观察到的这些密集菌丝网络相似的生长模式。丝状真菌细胞生理学在生物膜发育不同阶段的潜在机制仍有待明确。在此，我们利用RNA测序方法评估了烟曲霉生物膜发育过程中转录水平的变化。这些分析揭示了与发酵相关的转录本增加，同时氧化磷酸化相关的转录本减少。

进一步研究表明，乙醇和丁二醇发酵对于成熟生物膜生物量的维持至关重要。相应地，一个预测为转录因子的基因（silG）也被观察到是维持成熟生物膜生物量所必需的。综上所述，这些数据表明，烟曲霉在生物膜发育过程中代谢的时间性变化对于维持完全成熟的生物膜是必要的。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。