PRJNA649150：SARS-CoV-2肺炎中感染巨噬细胞与T细胞间的回路

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA649150

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

部分感染严重急性呼吸综合征冠状病毒2型（SARS-CoV-2）的患者会发展为重症肺炎和急性呼吸窘迫综合征（ARDS）。这些患者独特的临床特征使人们推测，SARS-CoV-2感染的肺泡内针对病毒的免疫反应不同于其他类型的肺炎。我们收集了88例SARS-CoV-2所致呼吸衰竭患者和211例已知或疑似由其他病原体所致肺炎患者的支气管肺泡灌洗液样本，并对其进行了流式细胞术和批量转录组分析。我们对重症COVID-19患者插管后48小时内采集的10份支气管肺泡灌洗液样本进行了单细胞RNA测序。在大多数SARS-CoV-2感染患者中，肺泡腔内持续富集T细胞和单核细胞。批量及单细胞转录组分析提示，SARS-CoV-2感染肺泡巨噬细胞，后者随之通过产生T细胞趋化因子作出应答。这些T细胞产生干扰素-γ，诱导肺泡巨噬细胞释放炎性细胞因子，并进一步促进T细胞活化。

总体而言，我们的结果表明，SARS-CoV-2引起一种缓慢展开、空间局限的肺泡炎，其中携带SARS-CoV-2的肺泡巨噬细胞与T细胞形成正反馈环路，驱动持续性肺泡炎症。总体设计：在西北纪念医院ICU插管后48小时内，获取了12例患者的支气管肺泡灌洗液（BAL）（10例COVID-19阳性，1例COVID-19阴性但继发于铜绿假单胞菌和鲍曼不动杆菌感染的细菌性肺炎，1例COVID-19阴性、因严重胃肠道出血为便于内镜而插管保护气道、无肺炎）。对BAL液进行流式分选获取巨噬细胞和T细胞，并使用10x 5’基因表达试剂盒制备单细胞文库。文库测序

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。