基本信息

模态

基因组

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1483821：FNR ArcA-2,3-丁二醇调控轴增强高产醇肺炎克雷伯菌葡萄糖摄取与adhE表达

PRJNA1483821 是 NCBI BioProject 数据库中的一项生物项目记录，其研究主题为 FNR ArcA-2,3-丁二醇调控轴增强高产醇肺炎克雷伯菌的葡萄糖摄取与 adhE 表达。该数据集的主题标签为 Genome sequencing，在本地分类中归属于呼吸系统疾病 / 肺炎方向。BioProject 作为生物数据的集合性记录，围绕单一研究计划汇集来自单一机构或联合体的多种数据类型，并为用户提供统一入口以查找该项目所产生的各类数据链接。该数据集适合作为肺炎克雷伯菌相关基因组测序研究的索引性资源，帮助研究者定位与高产醇表型、碳代谢调控相关的原始数据入口。

【数据集背景】

该数据集对应的研究聚焦于高产醇肺炎克雷伯菌中 FNR 与 ArcA 参与的 2,3-丁二醇调控轴，探讨该调控轴如何增强葡萄糖摄取以及 adhE 基因的表达。肺炎克雷伯菌是临床常见的条件致病菌，与肺炎等呼吸道感染密切相关，因此该研究在本地分类中被归入呼吸系统疾病 / 肺炎方向。项目以 Genome sequencing 为主题标签，表明其数据产出以基因组测序为主。BioProject 记录的定位是围绕单一研究计划汇集多类型生物数据，使研究者能够从一个入口获取该项目关联的各类数据资源。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Genome sequencing，说明其数据内容属于基因组测序范畴。源站描述指出，BioProject 记录本身并不直接承载全部实验数据，而是提供指向该项目所生成的各种数据类型的链接入口。关于具体的测序样本数量、测序平台、数据量、基因组组装结果或基因表达数据的具体构成，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 ID 1483821 - BioProject - NCBI，数据集英文名称为 PRJNA1483821: FNR ArcA-2,3-butanediol regulatory axis enhances glucose uptake and adhE expression in high-alcohol-producing Klebsiella pneumoniae。按照 BioProject 的一般定义，此类记录源自单一机构或联合体发起的单一研究计划。关于样本采集地点、采集时间、菌株分离来源及具体提交机构等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于需要定位高产醇肺炎克雷伯菌基因组测序原始数据的研究场景，例如围绕 FNR、ArcA 与 2,3-丁二醇调控轴开展碳代谢与毒力相关分析的研究者，可通过该 BioProject 记录查找项目关联的数据类型与链接。同时，由于其在本地分类中归属呼吸系统疾病 / 肺炎，也可作为肺炎克雷伯菌感染相关研究的辅助数据索引。关于该数据集在其他具体研究场景中的适用性，源站未提供。

【使用方法】

使用者可通过 NCBI BioProject 记录（ID 1483821）作为统一入口，查找该项目所生成的各类数据链接，并按需访问对应的数据资源。BioProject 的设计目的即为用户提供单一位置以发现项目产生的多样数据类型。关于具体的数据下载方式、分析流程或配套工具，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 索引性记录，其本身提供的是项目层面的数据链接入口，而非经过统一质控的整合数据产品。关于数据质量评估指标、测序深度、覆盖度及可能的偏差等信息，源站未提供。使用时应结合具体关联数据类型的原始记录判断其适用性。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI BioProject（ID 1483821）。关于该数据集的引用格式、许可条款及使用限制，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1483821

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1483821

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

此前，我们发现肺炎克雷伯菌是一种高产酒精菌，其促进非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）的发生发展。然而，其高产酒精的分子机制尚不清楚。通过比较肺炎克雷伯菌与大肠埃希菌的生物学表型，我们发现前者更擅长代谢高浓度葡萄糖，生长速度更快，且产生更高水平的酒精，其中2,3-丁二醇（2,3-BD）途径是导致这些差异的关键决定因素。更重要的是，具有2,3-BD途径的菌种——包括产气克雷伯菌、产酸克雷伯菌、阴沟肠杆菌和霍氏肠杆菌——均表现出与肺炎克雷伯菌相似的高产酒精能力，提示2,3-BD阳性肠杆菌科细菌中存在保守的酒精产生机制。敲除2,3-BD途径降低了磷酸转移酶系统（PTS）和酒精脱氢酶基因adhE的表达，而这些因子通常赋予增强的葡萄糖代谢和酒精产生能力。

通路缺失还下调了多种毒力决定因子，包括CPS、LPS以及1型和3型菌毛，从而在小鼠肺炎模型中减弱了毒力。此外，调控因子FNR通过上调adhE和2,3-BD通路基因增强乙醇产生，而ArcA以不依赖ArcB的方式激活2,3-BD通路，揭示了一种将代谢适应与毒力偶联的非经典信号机制。总体而言，我们的发现确定了FNR-ArcA-2,3-BD通路轴是驱动肺炎克雷伯菌高产乙醇的关键分子机制，突出表明2,3-BD通路是细菌代谢与毒力之间的关键纽带，也是控制肺炎克雷伯菌感染的潜在治疗靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别