PRJNA1372126：双侧肺切除术后使用血流自适应体外全人工肺系统桥接移植

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1372126

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

急性呼吸窘迫综合征（ARDS）在并发由院内耐药病原体引起的继发性肺炎和感染性休克时，死亡率可超过80%。我们对一名33岁患者的离体肺进行了单细胞RNA测序和Visium HD空间转录组分析，该患者患有流感相关ARDS，并发耐碳青霉烯铜绿假单胞菌肺炎和难治性感染性休克。我们的结果显示了受累肺组织中弥漫且均匀的组织破坏，伴有中性粒细胞、单核细胞来源的肺泡巨噬细胞和活化T细胞的密集浸润。我们还观察到异常基底样上皮细胞和CTHRC1阳性肌成纤维细胞的显著扩增，与广泛炎症共存，并伴有正常肺泡结构的近乎完全丧失。所得分子特征重现了终末期纤维化肺疾病中所见的表现，并与不可逆损伤而非可恢复的ARDS表型相一致。

总体设计：获取速冻肺样本，采用10X Genomics Chromium Single Cell Flex Gene Expression Assay进行单细胞RNA测序（scRNA-seq），并在HiSeq 4000平台上测序。共采集了来自不同区域的7份样本进行测序。原始scRNA-seq读数使用CellRanger（v7.1.0）进行解复用，并比对到人类基因组（HG38）。FFPE样本用于空间转录组分析，测序读数比对到人类基因组（HG38）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。