基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJEB98721：意大利北部MDR肺炎克雷伯菌ST6668，2020–2025

该数据集对应 NCBI BioProject 记录 PRJEB98721，围绕意大利北部 2020 至 2025 年间出现的多重耐药肺炎克雷伯菌 ST6668 的基因组特征展开研究。从标题与主题来看，这是一项针对特定时期、特定地域内新兴多重耐药菌株的基因组学调查项目，旨在通过生物信息学手段刻画该菌株的遗传背景与流行特征。数据集在分类上归属于呼吸系统疾病中的肺炎方向，提示其研究内容与呼吸道感染相关。作为 BioProject 体系下的一个记录，它为使用者提供了集中获取该项目所产生各类生物学数据的入口，便于对该研究涉及的基因组数据及相关信息进行检索与利用。整体而言，该数据集聚焦于多重耐药肺炎克雷伯菌的基因组特征，是理解该菌株在意大利北部传播与演化的重要数据资源。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库，记录编号为 PRJEB98721。BioProject 是围绕某一特定研究计划或倡议而汇集的一组生物学数据，这些数据通常来自单一机构或联合体。BioProject 记录的作用在于为用户提供一个统一的入口，以便查找该项目所产生的多种类型的数据。本项目的主题为意大利北部 2020 至 2025 年间出现的多重耐药肺炎克雷伯菌 ST6668 的基因组特征研究，属于呼吸系统疾病中肺炎相关的研究范畴。源站标题显示其内容涉及新兴多重耐药菌株的基因组特征分析，主题标签归为“Other”。

【数据内容】

该数据集所涵盖的具体数据内容，源站未提供。已知其作为 BioProject 记录，可链接到该项目生成的多种数据类型，但各数据类型的种类、数量、格式及具体文件构成，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心。项目记录编号为 PRJEB98721，源站标题中标注了 ID 1540691。关于样本采集的具体地点、时间跨度、样本数量、采集方法及纳入标准等细节，源站未提供。已知研究主题涉及意大利北部 2020 至 2025 年这一时间与地域范围，但更具体的采集信息源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与多重耐药肺炎克雷伯菌基因组特征相关的研究场景，例如对意大利北部特定时期该菌株的遗传特征、流行背景及耐药相关基因组信息进行分析。由于其分类归属于呼吸系统疾病中的肺炎方向，也可供呼吸道感染相关研究参考。此外，作为 BioProject 记录，它可用于检索和获取该项目产生的各类生物学数据。具体适用的分析类型、研究问题及使用条件，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库进行访问，利用记录编号 PRJEB98721 定位到对应项目页面，进而查找该项目所链接的各类数据。关于数据下载方式、文件格式、分析工具、处理流程及使用步骤等具体操作方法，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集的质量控制信息、数据完整性说明、版本更新情况、已知偏差或局限性等内容，源站未提供。使用者需注意，本项目主题所涉及的时间范围为 2020 至 2025 年，地域范围为意大利北部，其结论与数据的适用范围可能受此限制，但具体的质量评估与限制说明源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的引用方式、许可协议、使用条款及版权信息，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB98721

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB98721

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

2020–2025年通过意大利北部（米兰和帕维亚）医院监测收集的肺炎克雷伯菌ST6668全基因组测序数据集。包括Illumina双端reads（FASTQ）、部分样本的Oxford Nanopore reads，以及选定的混合组装/质粒（FASTA）。每个样本的元数据：分离株别名、采集日期（YYYY-MM）、Italy:Lombardy、Homo sapiens、分离来源；无患者标识符。该研究可用于分析时间趋势、机构间传播和耐药决定因素（包括blaNDM-1质粒），为感染预防与控制提供依据。数据处于临时禁运期，将在文章发表后释放。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别