大肠杆菌EC958与肺炎克雷伯菌Ecl8经叠氮胸苷处理的RNAseq

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB101306

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

进行RNAseq以研究齐多夫定如何抑制大肠杆菌和肺炎克雷伯菌中的质粒转移。将携带pCTgfp的大肠杆菌EC958和携带pKpQILgfp的肺炎克雷伯菌Ecl8各四个生物学重复培养于添加了0.008 µg/mL齐多夫定或等体积DMSO（溶剂对照）的LB肉汤中，在37 °C通气培养至对数期。提取总RNA，去除rRNA，构建文库，并在Illumina NovaSeq 6000（2×150 PE）上进行测序。原始reads用bcl2fastq处理，用Trimmomatic修剪，使用Bowtie2比对至参考基因组，并用featureCounts计数。差异基因表达分析采用DESeq2进行；调整后p ≤ 0.05且|log₂FC| > 0.5的基因被鉴定为差异表达基因。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。