肺炎感染、肺与肝脏炎症

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-45644

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

疫苗接种可降低肺炎的发病率和死亡率，但其对感染组织水平反应的影响仍知之甚少。我们评估了经鼻内接种强毒革兰氏阳性肺炎链球菌血清型（ST）3的小鼠的肺炎疾病进展、急性期反应和肺基因表达谱，包括预先用肺炎球菌多糖ST 3（PPS3）免疫，或PPS3与低剂量脂多糖（LPS）联合免疫的情况。在接种后（p.i.）5、12、24和48小时的急性期以及接种后7天的消退期评估肺炎严重程度。在PPS3免疫小鼠中，初级PPS3特异性抗体产生上调，IgM与肺炎球菌的结合增加。用PPS3或PPS3 + LPS免疫可减少24和48小时肺和血液中的细菌回收，并提高存活率。全肺RNA的微阵列分析显示，未感染和感染小鼠之间急性期蛋白血清淀粉样蛋白A（SAA）发生显著变化，而免疫接种可减弱这些变化。

在感染对照组小鼠的肝脏和肺中，SAA转录水平较高，血清中SAA蛋白升高，但在PPS3免疫小鼠中降低。因此，在强毒力肺炎感染期间，先前以IgM依赖方式用PPS3免疫以及PPS3 + LPS联合免疫，均减轻了肺炎严重程度并促进了感染消退，同时伴随肺部细胞因子基因表达以及肺、肝和血清中急性期蛋白的显著调节。每个肺RNA样本代表一只单独的小鼠，为每种处理创建了生物学重复。体内处理如下：未感染肺（载体免疫）对照（n=5）、接种后48小时感染肺（载体免疫）对照（n=5）、接种后48小时PPS3和LPS联合免疫肺（n=4）以及接种后7天PPS3和LPS联合免疫肺（n=4）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。