插补细菌性脑膜炎宿主基因分型数据
样本采集自 2006 至 2015 年荷兰经脑脊液确诊的成人（>16 岁）细菌性脑膜炎患者。元数据涵盖患者结局、细菌种类，其中 467 份样本可关联到 ENA run 及对应细菌基因组（仅限 S. pneumoniae）
基本信息
资源简介
插补细菌性脑膜炎宿主基因分型数据
该数据集来自 omicsdi.org，包含 1146 份宿主基因分型插补样本，基于 Illumina Omni 芯片并使用 Haplotype Reference Consortium v1.1 完成插补。样本采集自 2006 至 2015 年荷兰经脑脊液确诊的成人（>16 岁）细菌性脑膜炎患者。元数据涵盖患者结局、细菌种类，其中 467 份样本可关联到 ENA run 及对应细菌基因组（仅限 S. pneumoniae）。该数据可用于细菌性脑膜炎的宿主遗传关联分析、结局预测建模及病原-宿主互作研究（来源 omicsdi.org）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：本研究包含 1146 份宿主基因分型数据（插补）样本，来自 Illumina Omni 芯片，使用 与 Haplotype Reference Consortium v1.1 完成插补。样本采集自 2006 年至 2015 年间荷兰经脑脊液确诊的成人（>16 岁）细菌性脑膜炎患者。元数据包括患者结局、细菌种类，以及 467 份样本与 ENA run 及关联细菌基因组（仅 S. pneumoniae）的链接。
【主题与分类】
主题标签：Genomics。本站分类：呼吸系统疾病/肺炎。
【获取与许可】
源站页面：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00010002327
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00010002327
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究纳入了1146份宿主基因分型数据样本（经推算），这些数据来自Illumina Omni芯片，使用https://imputation.sanger.ac.uk/ 网站及Haplotype Reference Consortium v1.1进行推算。样本采集自2006年至2015年间荷兰经脑脊液确诊为细菌性脑膜炎的成年患者（>16岁）。元数据包括患者结局、细菌种类，并且对于467份样本，还提供了与相关细菌基因组（仅限肺炎链球菌）的ENA运行链接。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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