猪肺炎支原体感染过程中的转录组变化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE9057

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

猪肺炎支原体引起猪肺炎，并在猪呼吸道疾病综合征中起重要作用。由于缺乏遗传操作工具，其致病机制难以研究，但可利用微阵列技术研究猪体内定植和发病过程中发生的转录变化。该方法有望鉴定出对毒力重要的基因。本研究旨在鉴定感染过程中转录水平发生变化的基因。为此，将支气管肺泡灌洗液中收集的菌体与肉汤培养的菌体进行比较。对感染猪肺炎支原体28天后的猪进行支气管肺泡灌洗，并通过差速离心分离菌体。随后，通过扣除真核核糖体和信使RNA，从总RNA中获得支原体RNA富集制剂。使用支原体ORF特异性引物生成cDNA，用Cy3和Cy5进行荧光标记，并用于杂交微阵列。扫描阵列并使用混合线性统计模型进行分析。以此方式分析了九个生物学重复。

我们的分析表明，在猪肺疾病过程中，有33个Mhyo基因上调，46个基因下调(p<0.01)，错误发现率<2.7%。在下调基因中，46个中有27个(59%)缺乏已知功能，而上调基因中33个有20个(61%)为假设基因。四个下调基因和两个上调基因是推定脂蛋白。secA(mhp295；p = 0.003)和两个甘油转运渗透酶(potA(mhp380)；p = 0.006和ugpA(mhp381)；p = 0.003)在体内上调。延伸因子EF-G(fusA(mhp083)；p = 0.002)、rpoC(mhp635；p = 0.003)、腺苷酸激酶(adk(mhp208)；p = 0.001)、脯氨酰氨酰tRNA合成酶(proS(mhp397)；p = 0.009)和半胱氨酰-tRNA合成酶(cysS(mhp661)；p < 0.001)在体内下调。关键词：RNA，斑点DNA/cDNA

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。