特发性肺炎综合征全血RNA测序：与ARDS相比的独特转录组谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE84439

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

急性呼吸窘迫综合征（ARDS）是一种高度致命的综合征，以低氧血症和双侧肺部浸润为特征，常继发于脓毒症等诱发事件。异基因骨髓移植（BMT）是血液系统恶性肿瘤患者的挽救性治疗手段，但可能并发ARDS。我们试图识别血液基因表达特征，以区分BMT患者的ARDS是否在病理生物学上与非BMT患者的ARDS属于不同实体。研究采用RNA-Seq技术测量全血转录本表达差异，纳入符合柏林定义的ARDS患者26例：来自布莱根妇女医院危重症登记处（RoCI）的非BMT ARDS患者8例和BMT合并ARDS患者5例，以及非BMT脓毒症患者7例和BMT脓毒症患者6例。在采用Illumina TruSeq方法制备poly(A)选择的RNA-Seq文库之前，使用Ambion GLOBINclear试剂盒去除RNA中的珠蛋白。使用Illumina HiSeq 2500仪器生成75碱基对的双端reads，并使用STAR比对至hg38参考基因组。差异表达分析采用DESeq2进行。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。