重症脓毒症患者细胞外囊泡RNA谱揭示脑膜炎球菌与肺炎球菌感染的病原特异性免疫特征

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE292448

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数据说明

本研究首次对由脑膜炎奈瑟菌所致严重脓毒症患者与由肺炎链球菌所致全身性感染患者血浆细胞外囊泡（EVs）中分离的RNA谱进行了研究与比较。在某些情况下，侵袭性肺炎球菌病在入院时可与脑膜炎球菌感染相似。研究使用20世纪80年代挪威一次流行病疫情期间的血样分离EVs，并通过微阵列技术对其RNA含量进行表征。结果揭示了两个患者组之间既有共性又有差异的RNA特征，共有1,798个共享转录本。关键发现包括所有患者组中与S100家族信号通路及AQP9基因相关的mRNA转录本均发生显著变化。根据过滤标准，各患者组的RNA类型存在差异。mRNA、piRNA、lncRNA、lincRNA、tRNA、miRNA、YRNA和snoRNA等RNA亚型的水平在各组间有所不同。值得注意的是，脑膜炎球菌脓毒性休克组的转录本水平最高（5,927），显著超过肺炎球菌病组（2,341）和脑膜炎球菌脑膜炎组（390）。

在脑膜炎球菌和肺炎球菌患者组中均鉴定出特定的piRNA转录本，提示其可能在免疫调节中发挥作用。此外，长链非编码RNA（lncRNA）的表达模式可能提示免疫抑制，尤其是在全身性肺炎球菌疾病中。该研究还比较了入院时脑膜炎球菌脓毒症患者的血浆EV-RNA谱与致死性脑膜炎奈瑟菌脓毒症休克患者死后大器官组织样本的细胞RNA谱，揭示了RNA谱之间惊人的相似性。这凸显了EV在严重脓毒症期间调节免疫反应中的作用，并且确实为细胞外囊泡在脓毒症期间通讯中的作用铺平了道路。RNA谱的差异与相似之处

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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