脓毒症与COVID-19宿主反应比较：全血转录组前瞻性观察研究（RNA-Seq）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE243217

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

这项前瞻性观察性研究在大阪大学医学研究生院开展，旨在通过分析mRNA和miRNA表达谱，比较脓毒症与COVID-19患者的宿主反应。研究纳入22例脓毒症患者、35例COVID-19患者和15名健康受试者。脓毒症依据Sepsis-3标准诊断，COVID-19则通过SARS-CoV-2 RT-PCR检测确诊，并通过胸部CT扫描评估肺炎。在RNA测序方面，脓毒症患者中有14,500个mRNA、1121个miRNA和2556个miRNA靶向mRNA可用于分析。表达上调:下调的基因数目（错误发现率<0.05，|log2倍数变化|>1.5）分别为：mRNA 256:2887，miRNA 53:5，miRNA靶向mRNA 49:2507。同样，在COVID-19患者中，分析了14,500个mRNA、1121个miRNA和327个miRNA靶向mRNA，表达上调:下调的基因数目分别为：mRNA 672:1147，miRNA 3:4，miRNA靶向mRNA 165:162。

与COVID-19患者相比，脓毒症患者有更多上调和下调的基因及通路，表明脓毒症中基因表达和通路激活存在动态变化。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。