GSE21729：肺炎链球菌实验性脑膜炎发展必需基因的全基因组鉴定

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE21729

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们应用基因组阵列足迹分析(GAF)技术，旨在寻找在实验性脑膜炎发生与发展过程中对肺炎链球菌(S. pneumoniae)至关重要的基因。将四个文库，共计6,000个独立的TIGR4 marinerT7转座子突变体，经脑池内注射至家兔体内，并于三小时、九小时及十五小时后收集脑脊液(CSF)。通过对CSF样本及接种物中突变体特异性探针的微阵列分析，我们识别出82个基因，其突变体在感染过程中减弱，以及11个基因，其突变体在感染期间得到增强。筛选结果特别指出，在脑膜炎中，荚膜多糖(cps)、营养摄取及代谢具有关键作用。在大鼠脑膜炎实验模型中，对16个GAF靶点中的一部分定向突变体进行详细研究显示，有10个在竞争性感染过程中显著减弱或增强。此外，我们证明，在大鼠脑膜炎单一感染模型中，腺苷酸琥珀酸合成酶(purA)、黄素氧还蛋白(fld)及支链氨基酸ABC转运蛋白的底物结合蛋白(livJ)的突变体对于全面爆发的脑膜炎至关重要。

总体而言，GAF筛选揭示了肺炎球菌在脑脊液中所面临的营养普遍受限情况，而除cps基因外，似乎没有“经典”毒力因子是感染所必需的。这一认识将有助于更好地理解肺炎球菌脑膜炎的分子发病机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。