细菌性脑膜炎宿主基因分型数据集
该数据集来自 omicsdi.org，包含 1146 份宿主基因分型样本，使用 Illumina Omni 芯片检测。样本采集自 2006 至 2015 年间荷兰经脑脊液确诊的成人（>16 岁）细菌性脑膜炎患者
基本信息
资源简介
细菌性脑膜炎宿主基因分型数据集
genotyped_bacterial_meningitis 是一个聚焦于宿主基因分型的人类遗传学数据集，来源于 omicsdi.org，共收录 1146 份样本。这些样本采用 Illumina Omni 芯片完成基因分型检测，采集对象为 2006 年至 2015 年间在荷兰经脑脊液检查确诊的细菌性脑膜炎成人患者，年龄均大于 16 岁。数据集除宿主基因型信息外，还附带患者结局、致病细菌种类等元数据，并为其中 467 份样本提供了指向 ENA run 的链接，可关联到相应的细菌基因组信息，且该部分仅涉及肺炎链球菌（S. pneumoniae）。该数据集在站内被归类于呼吸系统疾病 / 肺炎方向，主题标签为 Genomics，可用于感染性疾病遗传易感性等相关研究。
【数据集背景】
细菌性脑膜炎是一种由细菌感染引起的严重中枢神经系统疾病，宿主遗传因素在其易感性和预后中可能发挥重要作用。该数据集正是在这一研究背景下产生，旨在通过宿主基因分型数据支持对细菌性脑膜炎遗传基础的分析。样本来自荷兰，时间跨度为 2006 年至 2015 年，研究对象为经脑脊液确诊的成人患者，年龄均大于 16 岁。这一设计使数据集具备较明确的人群特征和疾病确诊依据，适合用于探讨宿主遗传变异与细菌性脑膜炎之间的关系。数据集的主题标签为 Genomics，站内分类为呼吸系统疾病 / 肺炎，提示其可被纳入呼吸系统感染相关研究资源中加以利用。
【数据内容】
该数据集包含 1146 份宿主基因分型样本，检测平台为 Illumina Omni 芯片。除基因型数据外，数据集还提供多项元数据，包括患者结局、致病细菌种类。对于其中 467 份样本，数据集提供了指向 ENA run 的链接，可进一步关联到相应的细菌基因组信息，且这部分关联仅针对肺炎链球菌（S. pneumoniae）。需要注意的是，宿主基因分型数据与细菌基因组数据并非对所有样本均成对提供，而是仅对部分样本建立了链接。整体而言，数据内容以宿主遗传信息为核心，辅以临床结局和病原学信息，构成一个可用于多角度分析的研究资源。
【采集与来源】
样本采集自荷兰，时间范围为 2006 年至 2015 年。研究对象为成人患者，年龄均大于 16 岁，且均经脑脊液检查确诊为细菌性脑膜炎。基因分型检测使用 Illumina Omni 芯片完成。数据来源站为 omicsdi.org。关于样本采集的具体机构、伦理审批信息、样本量在各年度的分布、患者招募方式等细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于宿主遗传学与细菌性脑膜炎相关的研究场景。例如，可用于分析宿主基因变异与细菌性脑膜炎易感性、疾病严重程度或患者结局之间的关联；也可结合致病细菌种类信息，探讨不同病原体感染下的宿主遗传差异。对于包含 ENA run 链接的 467 份样本，还可将宿主基因型与肺炎链球菌基因组信息联合分析，用于研究宿主-病原体相互作用。此外，该数据集可支持基因组学层面的方法学验证、候选基因筛选以及更大规模的荟萃分析中的组成部分。站内分类为呼吸系统疾病 / 肺炎，也使其可用于呼吸系统感染相关研究的数据整合。
【使用方法】
使用者可通过 omicsdi.org 获取该数据集。宿主基因分型数据以 Illumina Omni 芯片产生的基因型信息形式提供，元数据包括患者结局和致病细菌种类。对于 467 份样本，可通过所提供的 ENA run 链接获取对应的细菌基因组信息，但需注意该关联仅限肺炎链球菌。由于数据集未提供统一的分析流程或预处理说明，使用者在分析前可能需要自行完成基因型质控、人群分层校正等步骤。关于数据的具体文件格式、下载方式、访问权限及是否需要申请等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集样本量为 1146 份，采集时间跨度为 2006 年至 2015 年，研究对象为荷兰成人细菌性脑膜炎患者，确诊依据为脑脊液检查。基因分型使用 Illumina Omni 芯片，属于较常见的全基因组基因分型平台。数据集的主要限制包括：细菌基因组关联信息仅覆盖 467 份样本，且仅涉及肺炎链球菌，其他致病菌种类未提供相应的基因组链接；样本来源局限于荷兰，人群代表性有限；年龄限定为大于 16 岁，不涵盖儿童患者。关于数据缺失率、基因型质控标准、样本重复情况、批次效应等信息，源站未提供。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款及数据共享政策，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00010002328
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究纳入了1146份来自Illumina Omni芯片的宿主基因分型数据样本。样本采集自2006年至2015年间荷兰经脑脊液确诊为细菌性脑膜炎的成年（>16岁）患者。元数据包括患者结局、细菌种类，并且对于467份样本，还提供了与相关细菌基因组（仅限肺炎链球菌）的ENA运行链接。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
依托陕西、四川两大基地，我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系，覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程，为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务？立即联系我们获取专业方案。
