肺炎链球菌实验性脑膜炎必需基因的全基因组鉴定

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-21729

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们应用基因组阵列足迹分析(GAF)技术，旨在寻找在实验性脑膜炎发生与发展过程中对肺炎链球菌(S. pneumoniae)至关重要的基因。将四个文库，共计6,000个独立的TIGR4 marinerT7转座子突变体，经脑池内注射至家兔体内，并于三小时、九小时及十五小时后收集脑脊液(CSF)。通过对CSF样本及接种物中突变体特异性探针的微阵列分析，我们识别出82个基因，其突变体在感染过程中减弱，以及11个基因，其突变体在感染期间得到增强。筛选结果特别指出，在脑膜炎中，荚膜多糖(cps)、营养摄取及代谢具有关键作用。在大鼠脑膜炎实验模型中，对16个GAF靶点中的一部分定向突变体进行详细研究显示，有10个在竞争性感染过程中显著减弱或增强。此外，我们证明，在大鼠脑膜炎单一感染模型中，腺苷酸琥珀酸合成酶(purA)、黄素氧还蛋白(fld)及支链氨基酸ABC转运蛋白的底物结合蛋白(livJ)的突变体对于全面爆发的脑膜炎至关重要。

总体而言，GAF筛选揭示了肺炎球菌在脑脊液中所面临的对营养物质的普遍限制，而除cps基因外，似乎不需要任何“经典”毒力因子即可引发感染。这一认识将有助于更好地理解肺炎球菌性脑膜炎的分子发病机制。兔脑膜炎模型按照Østergaard先前描述的方法进行（PMID: 9661008）。简言之，将10E6 CFU的肺炎链球菌突变体文库悬浮于20 µl牛肉汤中，并注射入四组、每组四只、体重约2.5 kg的远交新西兰白兔的小脑延髓池（其中一组有一只兔死亡）。通过从留置的脊髓和动脉插管中抽吸，从同一只兔反复获取脑脊液（0.3 ml）样本。样本在细胞增多前收集。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。