EGAS00001003772 脓毒症样本数据集

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001008730

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

脓毒症定义为由宿主对感染反应失调引起的危及生命的器官功能障碍。本队列由纳入脓毒症基因组进展（GAinS）研究的一组患者组成，该研究是一个已建立的成人脓毒症患者生物样本库。2005年至2018年间，从英国34家医院招募了因社区获得性肺炎或粪便性腹膜炎导致脓毒症的患者，并在入住ICU后的第1天、第3天和/或第5天收集用于功能基因组学的样本及详细临床信息。RNA从床旁使用LeukoLOCK试剂盒分离的白细胞中提取。我们此前已鉴定出脓毒症反应特征（SRSs），即与早期死亡率差异相关的转录组内型（Davenport等，Lancet Respir Med，2016；Burnham等，AJRCCM，2017），以及在临床试验中对治疗的反应（Antcliffe等，AJRCCM，2018）。我们对903份样本生成了RNA测序数据，其中包括134份来自我们先前发布的微阵列数据的重复样本。文库使用NEB Ultra II文库制备试剂盒（Illumina）构建，并在NovaSeq 6000上测序。

使用STAR将读段比对到参考基因组（GRCh38），并使用featureCounts（注释Ensembl v99）对基因计数进行定量。计数经TMM标准化并进行对数转换。质控后，处理后的数据可用于来自667名独特患者的864份样本。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。