PRJNA649562：单细胞RNA测序揭示暴露于阿富汗颗粒物与过敏原小鼠支气管肺泡灌洗细胞中的独特单核细胞群体
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 649562），主题为转录组或基因表达，采用单细胞 RNA 测序分析暴露于阿富汗颗粒物与过敏原的小鼠支气管肺泡灌洗细胞，旨在揭示其中独特的单核细胞群体
基本信息
资源简介
PRJNA649562：单细胞RNA测序揭示暴露于阿富汗颗粒物与过敏原小鼠支气管肺泡灌洗细胞中的独特单核细胞群体
PRJNA649562 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库（编号 649562）的生物学研究项目数据集，主题归类为转录组或基因表达。该项目采用单细胞 RNA 测序技术，对暴露于阿富汗颗粒物与过敏原的小鼠支气管肺泡灌洗细胞进行分析，旨在揭示其中存在的一个独特单核细胞群体。数据集在分类上归属于呼吸系统疾病中的哮喘方向，来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov。作为 BioProject 记录，它汇集了围绕这一单一研究计划所产生的多种类型生物学数据，并为用户提供统一入口以查找与该计划相关的数据链接。整体而言，该数据集面向呼吸系统疾病与过敏原暴露相关转录组研究，核心价值在于以单细胞分辨率刻画肺部灌洗细胞在特定暴露条件下的细胞组成变化。
【数据集背景】
该数据集对应的研究关注小鼠在同时受到阿富汗颗粒物与过敏原作用后，支气管肺泡灌洗细胞中发生的转录组层面变化。研究以单细胞 RNA 测序为技术手段，目标是从细胞群体层面识别出独特的单核细胞群体。这一背景将颗粒物暴露、过敏原刺激与呼吸系统疾病（尤其是哮喘方向）联系起来，属于转录组或基因表达主题下的基础研究数据资源。源站未提供该研究的具体实验设计细节、样本数量与暴露剂量等信息。
【数据内容】
数据集的主题标签为转录组或基因表达，数据类型属于单细胞 RNA 测序所产生的基因表达数据。其核心内容围绕暴露于阿富汗颗粒物与过敏原的小鼠支气管肺泡灌洗细胞展开，用于揭示其中独特的单核细胞群体。作为 BioProject 记录，该数据集本身是相关生物学数据的集合入口，用户可通过该记录找到该项目所生成的不同类型数据的链接。源站未提供具体的细胞数量、基因数目、测序深度或数据文件清单等信息。
【采集与来源】
数据来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov，以 BioProject 形式组织，项目编号为 649562。BioProject 是由单一机构或联合体发起的、围绕单一研究计划收集生物学数据的集合，其记录为用户提供查找该项目各类数据链接的统一位置。该数据集在分类上归入呼吸系统疾病 / 哮喘方向。源站未提供样本采集地点、采集时间、伦理审批及具体提交机构等信息。
【适用场景】
该数据集适用于呼吸系统疾病与哮喘相关的转录组研究场景，尤其是关注颗粒物与过敏原联合暴露对肺部免疫细胞组成影响的分析工作。由于采用单细胞 RNA 测序，可用于细胞群体识别、单核细胞亚群特征分析等研究方向。同时，作为 BioProject 记录，它也适合作为数据检索与数据关联的入口，帮助研究者定位该研究计划下的各类数据资源。源站未提供具体的分析流程或下游应用案例。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 记录（编号 649562）访问该数据集，并借助记录中提供的链接查找该项目生成的不同类型数据。源站未提供具体的数据下载方式、文件格式、分析工具或操作步骤等信息。
【质量与限制】
该数据集以 BioProject 记录形式呈现，其质量与限制的具体指标源站未提供。需要注意的是，BioProject 记录本身是数据集合的索引性条目，具体数据质量需结合其链接的原始数据判断。源站未提供数据完整性、准确性或适用范围方面的说明。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA649562
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
从阿富汗部署返回后，越来越多的美国军人报告出现与哮喘样气道疾病一致的症状，据认为是由长期吸入有毒沙漠颗粒物所致。部署相关肺病（DRLD）的症状在部署后环境中持续存在，此时士兵又暴露于常见的家庭过敏原。本研究旨在明确部署后环境中气道腔和气道腔内白细胞转录组反应，该环境通过小鼠吸入阿富汗沙漠颗粒物（APM）并随后接受屋尘螨（HDM）激发来模拟。C57BL/6小鼠（每组n=15）使用全身暴露系统暴露于过滤空气或雾化APM，每天6小时，连续12天，随后接受鼻内PBS或HDM过敏原激发。末次HDM激发后一天，处死小鼠以收集支气管肺泡灌洗液（BAL）细胞，使用10x Genomics平台进行单细胞RNA测序（scRNAseq），并评估炎症和气道高反应性（AHR）。
对BAL细胞scRNAseq数据的无监督聚类分析揭示了一个独特的单核细胞群体，该群体仅由APM和过敏原两种处理共同诱导产生。该单核细胞群体的特征在于表达与过敏性哮喘相关的基因，包括ALOX15，该基因参与气道阻塞并促进炎症反应。我们通过肺组织的免疫组织化学和免疫荧光染色验证了单核细胞中ALOX15的表达。与过滤空气对照组相比，APM预暴露后给予HDM激发导致总呼吸系统阻力显著增加。利用这一小鼠部署后模型，我们证明在部署至阿富汗期间吸入沙漠PM可能使气道致敏，使其在回国后对过敏原暴露更具反应性。部署后环境中的DRLD症状可能涉及
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
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