基本信息

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分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA605722：单细胞与群体转录组揭示2型高哮喘上皮重塑

PRJNA605722 是 NCBI BioProject 数据库中的一项生物研究项目记录，其英文名称为“Single cell and population transcriptomics reveal epithelial remodeling in type 2-high asthma”，中文可译为“单细胞与群体转录组揭示 2 型高哮喘中的上皮重塑”。该数据集归属于呼吸系统疾病 / 哮喘方向，主题标签为转录组或基因表达。从标题可以看出，该研究围绕 2 型高哮喘这一疾病亚型，借助单细胞转录组与群体转录组两类技术手段，考察气道上皮在该疾病状态下的重塑特征。BioProject 记录本身是一个项目入口，用于汇集同一项研究计划下产生的多种类型生物学数据，并提供指向这些数据的链接，因此该数据集适合作为检索和获取相关转录组数据的起点。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject，项目编号为 605722。BioProject 是 NCBI 提供的一项资源，用于汇集与单一研究计划相关的生物学数据，这些计划通常来自单一机构或某个联合体。每条 BioProject 记录为用户提供一个统一的位置，以便查找该项目所产生的多种数据类型对应的链接。就本项目而言，其研究主题聚焦于 2 型高哮喘中的上皮重塑，属于呼吸系统疾病 / 哮喘研究方向，主题标签为转录组或基因表达。

【数据内容】

依据项目标题，该数据集涉及单细胞转录组与群体转录组两类转录组数据，研究内容为 2 型高哮喘中的上皮重塑。主题标签标明其数据主题为转录组或基因表达。除上述信息外，源站未提供关于样本数量、测序平台、物种、数据文件格式与规模等具体细节。

【采集与来源】

该数据集来自 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 数据库，源站标题为“Single cell and population transcriptomics reveal ... (ID 605722) - BioProject - NCBI”。源站描述说明，BioProject 记录是相关生物学数据的集合，源自单一机构或联合体，并为用户提供查找该项目各类数据链接的统一入口。关于样本采集地点、时间、伦理审批及具体实验流程，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于呼吸系统疾病特别是哮喘方向的研究，尤其是关注 2 型高哮喘上皮重塑机制、以及希望利用单细胞转录组与群体转录组数据开展基因表达分析的用户。由于 BioProject 记录本身是项目级入口，也可用于检索和定位该项目关联的各类数据资源。关于更具体的适用分析类型，源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 记录（ID 605722）访问该项目页面，并借助记录中提供的链接查找该项目产生的多种数据类型。关于数据下载方式、文件组织、分析流程与配套工具，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 项目级记录，其作用在于汇集与链接项目相关数据，而非直接提供经过统一整理的分析结果。关于数据质量评估、批次效应、样本代表性等具体信息，源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与使用许可条款，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA605722

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA605722

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：2型细胞因子高表达哮喘内型（T2H）的特征是IL-13驱动气道黏液阻塞。为探究这一认识不足的病理生物学机制，我们利用单细胞RNA测序表征了IL-13对人气道上皮培养物的影响，发现IL-13对每种细胞类型均产生了新的转录状态。具体而言，我们发现IL-13在所有细胞类型中诱导了一种黏液分泌程序，该程序将黏液分泌细胞和防御分泌细胞均转化为化生状态，并出现新生的黏蛋白产生与分泌，同时导致纤毛细胞内质网应激和细胞死亡。经IL-13重塑的上皮分泌出一种病理性、黏蛋白失衡且先天免疫耗竭的蛋白质组，使黏液纤毛运动停滞。IL-13诱导的细胞重塑特征与T2H哮喘患儿相较T2低表达哮喘患儿鼻气道上皮中特征性的转录签名相镜像。我们的结果揭示了T2H哮喘在全上皮范围内的作用范围，并为恢复正常上皮功能提供了新的治疗靶点。

总体设计：单细胞转录组学用于涉及两种气管供体上皮细胞生长的气液界面（ALI）培养物的实验，这些培养物分别接受IL-13急性（48小时）或慢性（11天）刺激（或用BSA进行模拟刺激）。对于急性刺激实验，我们总共测序了2，385个细胞，加上阳性和阴性对照（质控后剩余1，894个）。对于慢性刺激实验，我们总共测序了802个单细胞（质控和批次校正后剩余756个）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别