基本信息

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分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

哮喘与健康对照的气道上皮基因表达数据集

PRJNA280004 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的生物学项目，编号为 280004，其英文名称为“Airway epithelial gene expression in asthma versus healthy controls”。从名称可以看出，该项目聚焦于哮喘患者与健康对照人群之间气道上皮细胞基因表达的差异，属于呼吸系统疾病尤其是哮喘相关的研究范畴。该项目的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其产生的数据属于转录组或基因表达类型。作为 BioProject 体系下的一项记录，它为使用者提供了一个集中入口，用以查找围绕这一研究计划所产生的多种数据类型。整体而言，该数据集是研究哮喘状态下气道上皮转录活动的重要资源，有助于从基因表达层面理解哮喘的分子特征。

【数据集背景】

哮喘是一种常见的呼吸系统疾病，其发病机制涉及气道炎症、气道重塑以及上皮屏障功能异常等多个层面。气道上皮细胞作为气道与外界环境之间的第一道屏障，在免疫应答、炎症调节和损伤修复中扮演关键角色。因此，比较哮喘患者与健康对照人群气道上皮细胞的基因表达谱，有助于揭示与哮喘相关的转录变化。该 BioProject 正是围绕这一目标而设立，归属于呼吸系统疾病 / 哮喘这一分类之下，来源于 ncbi.nlm.nih.gov。NCBI BioProject 的定位是汇集与某一项研究计划相关的生物学数据，这些数据可以来自单一机构或联合体，并为用户提供查找该项目所产生各类数据的统一入口。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其核心内容属于转录组或基因表达类数据。项目英文名称明确指出研究对象是气道上皮基因表达，比较的两组分别为哮喘患者与健康对照。由此可知，数据内容围绕气道上皮细胞的基因表达展开，旨在呈现哮喘与健康状态之间的表达差异。不过，关于具体的样本数量、测序平台、表达基因数目、差异表达基因列表等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“Homo sapiens (ID 280004) - BioProject - NCBI”。物种信息为 Homo sapiens，即人类。项目编号为 280004。根据源站描述，BioProject 记录本身是一个集合，汇集了与单一研究计划相关的生物学数据，这些数据源自单一组织或联合体，并为用户提供查找该项目所生成多种数据类型的统一位置。因此，该数据集的采集与来源依托于 NCBI BioProject 平台，具体样本采集方式、实验流程、受试者招募标准等信息，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签和项目名称，该数据集适用于转录组学与基因表达分析相关的研究场景，尤其是围绕哮喘与健康对照之间气道上皮细胞表达差异的探索。潜在的应用方向包括：识别哮喘相关的差异表达基因、研究气道上皮在哮喘中的分子机制、为呼吸系统疾病的生物标志物发现提供线索，以及作为转录组数据用于方法学比较或验证。此外，由于 BioProject 提供统一的数据查找入口，该数据集也可用于整合多种数据类型的研究工作。但需要说明的是，具体适用的分析类型和下游应用，源站未提供明确说明。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 平台访问，项目编号为 280004，用户可据此在 ncbi.nlm.nih.gov 上定位到对应记录。BioProject 记录的作用是提供指向该项目所产生各类数据的链接，因此使用者可以借助该记录进一步获取相关数据。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析工具或处理流程，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公开的生物学项目记录。其主题标签明确为转录组或基因表达，项目名称清晰指向哮喘与健康对照的气道上皮基因表达比较。然而，关于数据质量指标、样本量、测序深度、批次效应、统计效力等具体信息，源站未提供。此外，该记录本身是项目层面的汇总入口，并不等同于完整的实验细节或分析结果，使用者需结合项目所链接的其他数据资源进行判断。任何关于数据完整性或局限性的具体结论，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“Homo sapiens (ID 280004) - BioProject - NCBI”。关于该数据集的引用格式、许可条款或使用限制，源站未提供。使用者如需引用或使用该数据，应参考 NCBI BioProject 平台的相关规定以及项目记录中可能附带的说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE67472

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA280004

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

通过研究性支气管镜检查，从62名未使用吸入性类固醇的轻中度哮喘受试者和43名健康对照者中获取气道上皮刷检样本，用于微阵列分析。根据2型炎症三基因特征标志物POSTN、SERPINB2和CLCA1的表达，将哮喘受试者分为Th2高型和Th2低型哮喘两个亚组。总体设计：进行以下基因表达比较：1. 哮喘患者与健康对照者；2. Th2高型哮喘与Th2低型哮喘/健康对照者。随后，将与哮喘最相关的基因表达改变用于基因集富集分析和基因特征开发，以将该哮喘数据集与COPD基因表达数据集进行比较。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别