基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA273398：鼻腔基因表达与儿童特应性哮喘

PRJNA273398: The Nasal Gene Expression and Childhood Atopic Asthma 是一个登记于 NCBI BioProject 数据库的人类生物项目，编号为 273398，主题标签为转录组或基因表达。该项目围绕人类鼻腔基因表达与儿童特应性哮喘展开，属于呼吸系统疾病中哮喘方向的数据集合。作为一个 BioProject 记录，它把与同一项研究计划相关的多种数据类型汇聚在一个入口之下，便于使用者查找和访问。整体而言，该数据集为研究鼻腔基因表达特征与儿童特应性哮喘之间关系提供了转录组层面的数据基础，适合关注儿童哮喘分子机制与呼吸道基因表达谱的研究者参考使用。

【数据集背景】

该数据集对应 NCBI BioProject 编号 273398，物种标注为 Homo sapiens。其研究主题聚焦于鼻腔基因表达与儿童特应性哮喘，属于呼吸系统疾病中哮喘相关的研究范畴。BioProject 是围绕单一研究计划组织起来的生物数据集合，通常来源于单一机构或联合体；一个 BioProject 记录为用户提供统一入口，用于发现该项目所产生的多种数据类型。该项目的主题标签为转录组或基因表达，说明其数据性质属于基因表达层面的测量结果，而非基因组变异或其他类型的数据。

【数据内容】

依据现有信息，该数据集的内容为与人类鼻腔基因表达及儿童特应性哮喘相关的转录组或基因表达类生物数据。数据围绕鼻腔这一呼吸道部位的基因表达特征组织，研究对象为儿童特应性哮喘。关于具体的样本数量、测序平台、表达矩阵规模、差异表达基因列表等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，即 NCBI 的 BioProject 数据库，源站标题为 Homo sapiens (ID 273398) - BioProject - NCBI。BioProject 记录本身是数据类型的汇聚入口，链接到该项目生成的各种数据。关于样本采集的具体地点、时间、受试者招募标准、伦理审批信息以及测序或实验操作流程，源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于研究鼻腔基因表达特征与儿童特应性哮喘之间的关系，适合转录组与基因表达分析类研究使用。研究者可借助该 BioProject 入口查找该项目关联的数据类型，用于探索儿童哮喘在呼吸道局部（鼻腔）的分子表达特征。关于该数据集在其他具体研究场景（如生物标志物筛选、药物靶点发现等）中的适用性，源站未提供。

【使用方法】

使用者可通过 NCBI BioProject 记录（编号 273398）作为统一入口，查找并链接到该项目产生的各类数据。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析流程与软件工具建议，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 记录，其作用是汇聚与单一研究计划相关的生物数据并提供访问入口。关于数据质量评估指标、样本量大小、数据完整性、批次效应或技术偏倚等信息，源站未提供。使用者应注意，BioProject 记录本身不直接等同于经过统一处理的分析结果，具体数据质量需结合其链接的原始数据判断。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与使用许可条款，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA273398

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA273398

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们比较了患有持续性特应性哮喘的非裔美国儿童与健康对照组的基因组DNA甲基化模式和基因表达。在调整了年龄、性别、种族/民族、批次效应、膨胀效应及多重比较（错误发现率调整后q<0.05）之后，我们识别出119个差异甲基化区域（DMRs）和118个差异甲基化探针（DMPs）。差异甲基化的基因包括那些在哮喘和特应性中已确立作用的基因、细胞外基质成分、与免疫、细胞粘附、表观遗传调控及气道阻塞相关的基因。低甲基化和高甲基化基因分别与基因表达的增加和减少相关联（DMRs的P<2.8x10^-6，DMPs的P<7.8x10^-10）。对53个差异表达基因中甲基化-表达关系的定量分析显示，32个（60%）基因在其5kb范围内具有显著的（q<0.05）甲基化-表达关系。基于与哮喘的相关性、甲基化变化幅度及哮喘特异性甲基化-表达关系选出的10个位点，在一个独立的儿童哮喘队列中得到了验证。

总体设计：病例对照设计，纳入来自内城区的36名特应性哮喘儿童和33名非特应性非哮喘儿童鼻上皮细胞

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别